Geobacillus kaustaphilus alfa-galaktosidaz enziminin rekombinant protein olarak E. coli'de ifadesi ve karakterizasyonu
Expression and characterization of geobacillus kaustophilus alfagalactosidase enzyme as a recombinant protein in E. coli
- Tez No: 818687
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YUNUS ENSARİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kafkas Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
Son zamanlarda enzimler birçok endüstriyel alanda sıklıkla kullanılmaya başlanmıştır. Ilımlı koşullarda yaşayan mikroorganizmalardan elde edilen enzimlerin aksine, endüstrinin zorlu koşullarına dayanabilen ve ekstrem koşullarda yaşayabilen mikroorganizmalardan elde edilen enzimler daha çok tercih edilmektedir. Geobacillus kaustophilus, optimum üreme sıcaklığı 60 ºC olan ve kaplıcalarda üreyen ekstremofilik bir bakteridir. Organizmaya ait genom projesinin sonuçları ve CAZY veri tabanı incelendiğinde, genomda bir (1) adet α-galaktosidaz enziminin varlığı görülmüştür. Bu çalışmada, Geobacillus kaustophilus genomunda kodlanan α-galaktosidaz enziminin klonlanması, heterolog ekspresyonu, saflaştırılması ve biyokimyasal karakterizasyonu amaçlanmıştır. Bu amaçla, α -galaktosidaz enzimini kodlayan gen, pQE-30 vektörüne klonlanmış ve E. coli BL21'de heterolog olarak ifade edilmiştir. Saflaştırılmış enzimin biyokimyasal karakterizasyonu, Geobacillus kaustophilus α-galaktosidaz enziminin pH 6.0 sitrat tamponunda ve 40 ºC'de optimum aktivite gösterdiğini ortaya koymuştur. α–galaktosidaz enziminin para-Nitrofenil-α-D-galaktopiranozid substratına karşı Vmax değeri 41,09 U/mg, Km değeri ise 0,248 mM olarak bulunmuştur. Elde edilen rekombinant enzimin enzimatik özellikleri geliştirilirse lignoselülozik biyokütlelerin enzimatik hidrolizinde yüksek verimle kullanılabilecek bir aksesuvar enzim olabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Recently, enzymes have been used frequently in many industrial areas. In contrast to the enzymes obtained from microorganisms living in mild conditions, enzymes obtained from microorganisms that can withstand the harsh conditions of the industry and that can live in extreme conditions are more preferred. Geobacillus kaustophilus is an extremophilic bacterium with an optimum growth temperature of 60 degrees and grows in hot springs. When the results of the genome project of the organism and the CAZY database were examined, the presence of 1 α-galactosidase enzyme in the genome was observed. In this study, it was aimed to clone, heterologous expression, purification and biochemical characterization of α-galactosidase enzyme encoded in Geobacillus kaustophilus genome. For this purpose, the gene of the α-galactosidase enzyme was cloned into the pQE-30 vector and expressed heterologously in E. coli BL21. Biochemical characterization of the purified enzyme revealed that the enzyme Geobacillus kaustophilus α-galactosidase showed optimum activity at 40 ºC and pH 6 in citrate buffer. Ethanol added to the reaction was the chemical that increased the activity of the α-galactosidase enzyme the most with 255% activity and the Vmax value of the α-galactosidase enzyme was 41.09 U/mg, and the Km value was 0.248 mM. If the enzymatic properties of the recombinant α-galactosidase enzyme produced are improved, it is thought that it can be an accessory enzyme that can be used with high efficiency in the enzymatic hydrolysis of lignocellulosic biomasses.
Benzer Tezler
- Geobacillus kaustophilus alfa-glukuronidaz enziminin in-siliko yaklaşımlar ile protein mühendisliğinin gerçekleştirilmesi
Protein engineering of Geobacillus kaustophilus alfa-glucuronidase enzyme by in-silico approaches
ELİF ALTUNKÜLAH
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikKafkas ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YUNUS ENSARİ
- ATP-bağımlı ftsH geninin Geobacillus kaustophilus'dan klonlanması ve ekspresyonu
Cloning and expression of ATP-dependent ftsH gene from Geobacillus kaustophilus
AHMET TÜLEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FATMA İNCİ ÖZDEMİR
- Termofilik alfa-glukuronidaz enziminin rekombinant protein olarak ifadesi ve enzimatik karakterizasyonu
Expression of thermophilic alpha-glucuronidase enzyme as recombinant protein and its enzymatic characterization
HİLAL TAŞDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiKafkas ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YUNUS ENSARİ
- Geobacillus kaustophilus lipaz yapısında bulunan Met287 ve Asp365 rezidülerinin yönlendirilmiş mutagenez yöntemiyle değiştirilmesi, aktivite ve kararlılığına etkilerinin incelenmesi
Site-directed mutagenesis of the residues Met287 and Asp365 of Geobacillus kaustophilus lipase and the effects of these mutations on the activity and stability
ATİKE NUR SEYİTOĞLU
- Geobacillus kaustophilus fosfotransasetilazın rekombinant üretimi ve biyokimyasal karakterizasyonu
Geobacillus kaustophilus phosphotransacetylase: Recombinant production and biochemical characterization
MERAL AMANVERMEZ KARABAŞ