Covid-19 tedavisinde kullanılan bazı yardımcı ilaçlarının kuantum kimyasal hesaplamaları ve moleküler kenetleme analizleri
Quantum chemical calculations and molecular docking analysis of some auxiliary drugs used in the treatment of covid-19
- Tez No: 831080
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ NESLİHAN KAYA KINAYTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Science and Technology, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Burdur Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Nanobilim ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Nanobilim ve Nanoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 119
Özet
2019 yılının sonlarında Çin'in Vuhan Eyaleti'nde solunum yolu hastalığı belirtileriyle ortaya çıkan Covid-19 tüm dünyaya yayılıp hayatı durdurmasıyla 2020 yılı ve sonrasına damgasını vurmuştur. Bu tez çalışmasında Covid-19 tedavisinde kullanılan bazı yardımcı ilaç etken maddelerinin kuantum kimyasal hesaplamaları ve moleküler kenetleme analizleri gerçekleştirildi. İlaç etken maddelerinin deneysel karakterizasyon analizleri FTIR spektroskopisi, RAMAN spektroskopisi ve UV-Görünür bölge spektrofotometresi kullanılmıştır. Kuantum kimyasal hesaplamalar için Gaussian09 paket programı DFT/B3LYP/6311G(d,p) temel seti kullanılmıştır. Moleküllerin optimize geometrik parametreleri, titreşim modları, moleküler elektrostatik potansiyel (MEP) yüzey haritaları bu temel set kullanılarak hesaplanmıştır. HOMOLUMO enerjileri için TD-DFT/B3LYP/6311G(d,p) temel seti tercih edilmiştir. Elde edilen deneysel ve teorik veriler karşılaştırıldığında birbirleriyle uyumlu oldukları gözlemlenmiştir. Bu tez çalışmasında Covid-19 tedavisinde kullanılan yardımcı ilaçların Covid-19 proteini (PDB ID:6M03) üzerindeki etkinliğini değerlendirebilmek için moleküler kenetleme analizi yapılmıştır. Moleküler kenetleme çalışmaları AutoDockVina programı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Moleküler kenetleme analiz sonuçlarından 6M03 proteininin bronkodilatör ilaç grubundan indakaterole en iyi bağlanma afinitesi gösterdiği belirlenmiştir. Tüm veriler değerlendirildiğinde bir molekülün yapısı, içerdiği atomlar, kimyasal kararlılığı gibi özelliklerin moleküler kenetleme skorunu etkilediği belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Covid-19, which emerged with the symptoms of respiratory disease in China's Wuhan Province at the end of 2019, left its mark on 2020 and beyond as it spread to the whole world and stopped life. In this thesis, quantum chemical calculations and molecular chelation analyzes of some auxiliary drug active ingredients used in the treatment of Covid-19 were performed. FTIR spectroscopy, RAMAN spectroscopy and UV-Visible spectrophotometer were used for experimental characterization analyzes of drug active ingredients. Gaussian09 package program DFT/B3LYP/6311G(d,p) basis set was used for quantum chemical calculations. Optimized geometric parameters of the molecules, vibration modes, molecular electrostatic potential (MEP) surface maps were calculated using this basic set. TD-DFT/B3LYP/6311G(d,p) basis set is preferred for HOMOLUMO energies. When the experimental and theoretical data obtained were compared, it was observed that they were compatible with each other. In this thesis study, molecular docking analysis was performed to evaluate the effectiveness of the auxiliary drugs used in the treatment of Covid-19 on the Covid-19 protein (PDB ID: 6M03). Molecular chelation studies were carried out using the AutoDock-Vina program. From the results of the molecular docking analysis, it was determined that the 6MO3 protein showed the best binding affinity for indacaterol from the bronchodilator drug group. When all data were evaluated, it was determined that properties such as the structure of a molecule, the atoms it contains, and its chemical stability affect the molecular docking score.
Benzer Tezler
- Cost-effectiveness analysis for hepatitis C treatments in persons who inject drugs in Turkey
Türkiye'de damariçi ilaç kullanan kişilerde hepatit C hastalığının tedavilerıne ilişkin maliyet-etkinlik analizi
ŞAHİNCAN ÜÇLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE YAYLALI
- COVİD-19 acil servisine başvuran hastaların acil serviste kaldığı süre içindeki maliyeti ve bu maliyete etki eden faktörlerin araştırılması
Investigation of the cost of COVID-19 patients applying to the emergency department during their stay in the emergency department and the factors affecting this cost
MURAT ÖZCAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Acil TıpSüleyman Demirel ÜniversitesiAcil Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖNDER TOMRUK
- Acil servise nefes darlığı ile başvuran hastalarda termal kamera ve akciğer ultrasonografisinin hasta sonuçlanımı üzerine etkilerinin araştırılması
Research of the effects of thermal camera and lung ultrasonography on patient outcomes in patients attending emergency department with shortness of BREATH
ORHAN ÇATMA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Acil TıpEge ÜniversitesiAcil Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜÇLÜ SELAHATTİN KIYAN
PROF. DR. MEHMET ENGİN
- Covıd-19 tedavisinde kullanılan ilaçların insan böbrek hücre hattı üzerine etkilerinin in vitro değerlendirilmesi
In vitro evaluation of the effects of drugs used in the treatment of covid-19 on the human kidney cell line
ÖZGE ÖZERDEM İLİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DUYGU YAŞAR ŞİRİN
- Covıd‒19 tedavisinde kullanılan oseltamivir ilaç etken maddesinin DNA biyosensörü ile elektrokimyasal analizi
Electrochemical analysis of oseltamivir drug active agent used in the treatment of Covid–19 with DNA biosensor
ALİ KEÇECİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
KimyaMunzur ÜniversitesiKimyasal Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YELİZ İPEK
DR. ÖĞR. ÜYESİ BERNA KOÇAK