Gold nanorod-based shape-shifting probe for the detection of human telomeric G-quadruplex DNA structure
İnsan telomerik G-quadruplex DNA yapısının tespiti içinaltın nanorod tabanlı şekil değiştirme probu
- Tez No: 836376
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kolorimetrik tespit yöntemleri, spesifik biyomoleküler etkileşimlerini tanımlamak için basit, hızlı, görsel ve genellikle uygun maliyetli olduklarından biyomedikal araştırmalarda vazgeçilmez araçlardan biri haline gelmiştir. Bu tezde, insan telomerik G-dörtlü (Tel24 G4) DNA'sının tespiti için altın nanoçubuklar (GNR'ler) kullanan yeni bir kolorimetrik tespit platformu sunulmaktadır. Tel24 G4'ün tespiti, insan temolerik DNA'sının hayati hücresel süreçlere dahil olması nedeniyle önemlidir. Setiltrimetilamonyum bromür (CTAB) çözeltisi içindeki değiştirilmemiş GNR'ler tarafından sergilenen uzunlamasına ve enine lokalize yüzey plazmon rezonansının (LSPR) benzersiz özellikleri, geliştirilen platformun temelini oluşturmaktadır. Artan Tel24 G4 DNA derişimiyle birlikte GNR'lerin uzunlamasına ve enine LSPR piklerinin intensitesinde ve konumunda gözlemlenen değişiklikler, toplanmanın ve aşındırmanın olası mekanizmalar olduğunu öne sürmüştür. Optimum koşullar altında ([CTAB]=0,01 M, [HCl]=28 mM, 60°C'de 10 dakikalık inkübasyon), yaklaşık 0,03 µM tespit limitiyle 0,371 ile 0,909 µM doğrusal dinamik aralık belirlenmiştir. Platformun, diğer mevcut G4 DNA konfigürasyonlarını, tek, çift ve üç sarmallı oligonükleotidleri kapsayan çeşitli oligonükleotid yapılarına verdiği yanıtın değerlendirilmesi üzerine, Tel24 G4'e oldukça spesifik olduğu belirlenmiştir. Kısaca geliştirilen platformun basitliği, hızlılığı ve uygun maliyetli olmasının yanı sıra Tel24 G4'e son derece spesifik ve seçici olduğu da tespit edilmiştir. Bu tez kapsamında yürütülen araştırmanın yalnızca GNR'lerin uygulama potansiyelini geliştirmekle kalmayıp aynı zamanda onların nükleik asit tespiti alanına entegrasyonunun da önünü açtığına inanıyoruz.
Özet (Çeviri)
Colorimetric detection methods became one of the indispensable tools in biomedical research since they offer simple, rapid, visual, and often cost-effective means to identify specific biomolecular interactions. In this thesis, a novel colorimetric detection platform using gold nanorods (GNRs) for the detection of human telomeric G-quadruplex (Tel24 G4) DNA was introduced. The detection of Tel24 G4 is important due to the involvement of human telomeric DNA in vital cellular processes. The unique properties of longitudinal and transverse localized surface plasmon resonance (LSPR) exhibited by unmodified GNRs in cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) solution serve as the foundation of the developed platform. Changes observed in the intensity and location of the longitudinal and transverse LSPR peaks of GNRs with increasing concentration of Tel24 G4 DNA suggested the aggregation and the etching as plausible mechanisms. Under the optimum conditions ([CTAB]=0.01 M, [HCl]=28 mM, 10 min incubation at 60℃), a linear dynamic range of 0.371 to 0.909 µM, with a detection limit of approximately 0.03 µM was determined. The platform was found to be highly specific to Tel24 G4 upon evaluation of its response to diverse oligonucleotide structures, encompassing other available G4 DNA configurations, single, double, and triple-stranded oligonucleotides. In brief, the developed platform has proven to be highly specific and selective to Tel24 G4 in addition to its simplicity, rapidity, and cost-effectiveness. We believe that the research conducted within this thesis not only advances the application potential of GNRs but also paves the way for their integration into the field of nucleic acid detection.
Benzer Tezler
- Nanopartikül üretimi ve nanotıp uygulamaları
Production of nanoparticles and their application in nanomedicine
FİLİZ SAYAR
Doktora
Türkçe
2010
BiyomühendislikHacettepe ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERHAN BİŞKİN
- Yüzeyde güçlendirilmiş Raman spektroskopisi kullanılarak yüksek hassasiyette DNA analizine yönelik dönen çember amplifikasyonu yönteminin geliştirilmesi
Development of rolling circle amplification method for high sensitivity DNA analysis using surface enhanced Raman spectroscopy
BURCU GÜVEN
Doktora
Türkçe
2016
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL HAKKI BOYACI
- Sensitive and quantitative determination of cysteine by surface enhanced Raman spectrometry based on their induced aggregates of gold and silver nanostructures
Altın ve gümüş nanoyapı kümelerine dayanan yüzeyde güçlendirilmiş Raman spektrometrisi ile hassas ve kuantitatif sistein tayini
RECEP YÜKSEL
- Dual encapsulation of gold nanorods and chemotherapy drugs into plga nanoparticles for combined cancer therapy
Kombine kanser tedavisi için altın nanoçubukların ve kemoterapi ilaçlarının plga nanopartiküllerine ikili enkapsülasyonu
İREM SULTAN İLÇİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Polimer Bilim ve TeknolojisiBoğaziçi ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BANU İYİSAN
- Yüzeyde güçlendirilmiş raman spektroskopisi (SERS) temelli platformların geliştirilmesi ve biyoanalizlerde kullanımı
Development of surface enhanced raman spectroscopy (SERS) based substrates and applications on bioanalysis
AKİF GÖKTUĞ BOZKURT
Doktora
Türkçe
2018
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL HAKKI BOYACI