Temel bileşen analiz yöntemiyle oksindol türevlerinin farmakolojik etkilerinin incelenmesi
Investigating the pharmacological activities of oxindole derivatives using principal component analysis
- Tez No: 860551
- Danışmanlar: PROF. DR. SEDA GÜNEŞDOĞDU SAĞDINÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: İlaç, Kuantum Mekaniksel Tanımlayıcılar, Nicel Yapı-Aktivite İlişkisi, Oksindol, Temel Bileşen Analizi, Drug, Quantum Mechanical Descriptors, Quantitative Structure–Activity Relationship, Oxindole, Principal Component Analysis
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Oksindol türevleri antikanser, antimikrobiyel, antiviral ve antioksidatif özellikler sergiler; bu nedenle, ilaç araştırmaları için potansiyel adaylar olarak kabul edilirler. Oksindol bileşiklerinin önemli bir grubu, antikanser veya antimikrobiyel maddeler olarak incelenir. Bu çalışmada bilinen antikanser veya antimikrobiyel özelliklere sahip seçilmiş oksindol moleküllerinin optimize edilmiş temel durum geometrileri, 6-311G(d,p) temel seti ve Becke, Lee-Young ve Parr hibrit fonksiyoneli (B3LYP) kullanılarak yoğunluk fonksiyonel teorisi (DFT) ile elde edilmiştir. Oksindol bileşiklerinin biyolojik aktiviteleri için nicel yapı-aktivite ilişkilerini (QSAR) ortaya çıkarmak amacıyla her molekül için kuantum mekaniksel tanımlayıcılar belirlenmiştir. Tanımlayıcı uzayının boyutlarını küçültmek için oluşturulan veriler üzerinde temel bileşen analizi (PCA) yapılmıştır. PCA, oksindol türevlerinin biyolojik aktiviteleri ile ilişkilendirilebilecek özvektörler ve özdeğerleri veren bir eğitim setinde uygulanmıştır. Eğitim setinden elde edilen sonuçlar ile PCA rutinindeki doğrulama setlerinin sonuçları karşılaştırılarak, bilinmeyen oksindol moleküllerinin antikanser veya antimikrobiyel özelliklerinin yaklaşık %85 doğrulukla tahmin edilebileceği gösterilmiştir. Tipik olarak, farmakolojik araştırmalarda ilaç adaylarının biyolojik aktiviteleri incelenirken QSAR çalışmalarında yapısal ve uzaysal tanımlayıcılar kullanılmıştır. Bununla birlikte, bu tez çalışması, kuantum mekaniksel tanımlayıcıların yapısal ve uzaysal tanımlayıcılar kadar yararlı olabileceğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Oxindole derivatives exhibit anticancer, antimicrobial, antiviral, and antioxidative properties; therefore, they are considered as potential candidates for drug search. A major group of oxindole compounds are studied as anticancer or antimicrobial agents. In this study, optimized ground state geometries of selected oxindole molecules with known anticancer or antimicrobial properties were obtained with density functional theory (DFT) by using Becke, Lee-Young and Parr hybrid functional (B3LYP) along with 6-311G(d,p) basis set. Quantum mechanical descriptors were generated for each molecule to reveal the quantitative structure-activity relationships (QSAR) of oxindole compounds for their biological activities. In order to reduce the dimensions of descriptor space, principal component analysis (PCA) was performed on the generated data. PCA was applied on a training set which yielded eigenvectors and eigenvalues that can be associated with the biological activities of oxindole derivatives. By comparing the results obtained from the training set with those of validation sets in PCA routine, it was demonstrated that anticancer or antimicrobial properties of unknown oxindole molecules can be predicted with almost 85% accuracy. Typically, structural and spatial descriptors have been used in QSAR studies while studying biological activities of drug candidates in pharmacological research. Meanwhile, this study shows that quantum mechanical descriptors can be just as useful as structural and spatial descriptors.
Benzer Tezler
- YBS ve CBS ı̇lişkisinin bibliyometrik analiz ve bilimsel haritalama yöntemiyle ı̇ncelenmesi
Analyzing the relationship between MIS and GIS using bibliometric analysis and scientific mapping method
MAHMUD ZAHİD MUTLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Yönetim Bilişim SistemleriAnkara Hacı Bayram Veli ÜniversitesiYönetim Bilişim Sistemleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMED HANEFİ CALP
- Measurement of thermal constriction resistance in micro-contacts formed by indentation of metals
Metallerde girinti yöntemiyle oluşturulan mikro-temaslarda ısıl daralma direncinin ölçümü
SEDA NUR SÖNMEZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ÖZGÜR ÖZER
- Novel nutritional yeast formulation as a functional ingredient for healthy snacks
Sağlıklı atıştırmalıklar için fonksiyonel bir bileşen olarak yeni nesil besin mayası formülasyonu
ALEYNA NUR KARSLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA ÇAPANOĞLU GÜVEN
- Effect of pack aluminizing on hydrogen charging behavior of Ti6Al4V alloy fabricated by selective laser melting
Seçici lazer ergitme yöntemiyle üretilen Ti6Al4V alaşımının hidrojen şarj davranışı üzerine kutu alüminyumlama işleminin etkisi
BELGİN ATAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT BAYDOĞAN
- Vibration analysis of a rotating double tapered euler-bernoulli beam featuring bending–bending-torsion coupled using finite element method
Egilme-egilme-burulma etkileşime maruz kalan iki eksende daralan bir euler bernoullı kirişin doğal frekansının sonlu elemanlar yöntemiyle incelenmesi
YUNUS EMRE COŞKUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Uçak Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiUçak ve Uzay Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGE ÖZDEMİR