Geri Dön

Irak'ın Babylon kentindeki yanıklardan, yaralardan ve idrar yolu enfeksiyonu hastalarından izole edilen pseudomonas aeruginosa'nın moleküler tanımlanması ve virülans analizi

Molecular identification and virulence analysis of pseudomonas aeruginosa isolated from burns, wounds and uti patients in Babylon, Iraq

PDF İndir

  1. Tez No: 887296
  2. Yazar: ZAINAB MOHAMMED NAJI AL-SHAMMARI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. TARKAN YORULMAZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 101

Özet

Gram-negatif bir bakteri olan Pseudomonas aeruginosa, antibiyotiklere karşı gösterdiği direnç nedeniyle büyük bir endişe kaynağıdır. Araştırmacılar, efluks pompaları ve antibiyotik hedefleri gibi doğuştan gelen mekanizmalarını ve gen transferi yoluyla edinilen direncini incelemektedir. Bu durum, mikrobiyal ekoloji ve hastalık yönetiminde stratejilere duyulan ihtiyacı vurgulamaktadır. Çalışmamızda, Irak'ın Babil Şehri'ndeki P. aeruginosa'yı araştırmak ve çeşitli genetik yapısı ile patojenite özelliklerineodaklanılmıştır.Araştırma,P.aeruginosa enfeksiyonlarının epidemiyolojisini anlamayı ve hedefe yönelik tedavi stratejileri geliştirmeyi amaçlamaktadır. Örnekler yanıklar, yaralar ve idrar yolu enfeksiyonları olarak ayrılan 100 katılımcıdan ve 50 sağlıklı bireyden oluşan bir kontrol grubu olmak üzere toplam 150 kişiden oluşmaktadır. MİK'i belirlemek için VITEK-2 sistemi kullanılmıştır. Biyofilm üretim oranı, mikrotitre plakası yöntemiyle tahmin edilmiştir. Daha sonra DNA ekstrakte edilmiş, ExoA ve FliC genleri PCR ile çoğaltılmış ve çoğaltılan ürün dizinlenmiştir. Elde edilen diziler daha sonra çeşitli nükleotidleri tespit etmek için NCBI Blast araçları kullanılarak analiz edilmiştir. Pseudomonas aeruginosa kültürünün sonuçları, bakteri kültürünün tipik sonuçlarını göstermiştir. Verilerin analizi, en yüksek P. aeruginosa izolat yüzdesinin (%30) 17-26 yaş grubunda bulunduğunu göstermektedir. 27-36 yaş grubunda %28, 37-45 yaş grubunda %24 ve en düşük yüzde %18 ile 46-51 yaş grubunda bulunmuştur. Ki-kare değeri 1,680 ve buna karşılık gelen p-değeri 0,641'dir. Örneklerin enfeksiyon bölgesine göre dağılımında, en yüksek enfeksiyon bölgesi %42 ile yara izolatlarında oluşurken, bunu %36 ile yanıklar ve %22 ile idrar yolu örnekleri takip etmektedir (ki-kare değeri 3.160 ve p-değeri 0.206). Pozitif örneklerin dağılımı her iki cinsiyet (erkek ve kadın) arasında eşit bir dağılım göstermiştir ve P-değeri 0.631'e eşittir. Kan gruplarına göre dağılım, 50 pozitif izolatın sekiz kan grubu arasında; O+ (%16), O (%12) A+ (%16) A (%10) B+ (%14) B (%12) AB+ (%12) ve AB (%8) olarak dağıldığını göstermektedir. Ki-kare değeri 2.160 olup p-değeri 0.950 gibi yüksek bir değerdir. VITEK-2 sistemi ile elde edilen MİK sonuçları, Gentamisin'e (GEN) %78 oranında duyarlılık ve Aztreonam'a (ATM) %0 oranında en düşük duyarlılık göstererek test edilen suşlar arasında direnç olduğunu ortaya koymuştur. Öte yandan, en yüksek ii direnç %96 ile Meropenem'e (MRP) karşı kaydedilirken, Gentamisin (GEN) %22 oranında direnç göstermiştir. Bu karşılaştırmaya 0.004'e eşit anlamlı bir P-Değeri eşlik etmiştir. Amplifikasyon ve ardından sekanslama ile ilgili sonuçlar, NCBI veri tabanındaki CP075787.1 referans sekansı ile karşılaştırıldığında ExoA geninde farklı varyasyonlar olduğunu göstermiştir. En yüksek varyasyon oranını gösteren izolat aynı zamanda en yüksek biyofilm üretim oranını da göstermiştir. Flic geninin dizi analizi de referans ID'li (L81147.1.) referans diziyle karşılaştırıldığında farklı varyasyonlar göstermiştir. En yüksek varyasyon oranına sahip örnekler yüksek MİK seviyeleri göstermiştir. Bu çalışmanın sonuçlarından, Pseudomonas aeruginosa enfeksiyonunun genç yetişkinlerde yaygın olduğu sonucuna varılabilir. Gentamisin, yüksek duyarlılık oranları nedeniyle çoğu P. aeruginosa izolatının tedavisinde etkilidir. Genetik varyasyonlar biyofilm üretimi ile pozitif korelasyon göstermektedir. ExoA ve FliC gen varyasyonları daha yüksek olan izolatlar daha fazla biyofilm üretmiştir. ExoA ve FliC genlerinin genetik varyasyonları ile MİK arasında pozitif korelasyon vardır. Yüksek antibiyotik direnci gen varyasyonları ile bağlantılıdır.

Özet (Çeviri)

Pseudomonas aeruginosa, a Gram-negative bacterium, is of great concern due to its resistance to antibiotics. Researchers are studying its innate mechanisms, such as efflux pumps and antibiotic targets, and resistance acquired through gene transfer. This highlights the need for strategies in microbial ecology and disease management. In our study, we investigated P. aeruginosa in Babylon City, Iraq, focusing on its diverse genetic structure and pathogenicity. The research aims to understand the epidemiology of P. aeruginosa infections and develop targeted treatment strategies. The samples consisted of 100 participants, divided into burns, wounds and urinary tract infections, and a control group of 50 healthy individuals, totalling 150 individuals. VITEK-2 system was used to determine the MIC. Biofilm production rate was estimated by microtiter plate method. DNA was then extracted, ExoA and FliC genes were amplified by PCR and the amplified product was sequenced. The sequences obtained were then analysed using NCBI Blast tools to detect various nucleotides. The results of Pseudomonas aeruginosa culture showed typical results of bacterial culture. Analysis of the data shows that the highest percentage of P. aeruginosa isolates (30%) was found in the 17-26 age group. 28% was found in the 27-36 age group, 24% in the 37-45 age group and the lowest percentage was found in the 46-51 age group with 18%. The chisquare value was 1.680 and the corresponding p-value was 0.641. In the distribution of the samples according to the infection site, the highest infection site was wound isolates with 42%, followed by burns with 36% and urinary tract samples with 22% (chi-square value 3.160 and p-value 0.206). The distribution of positive samples was evenly distributed between both sexes (male and female), with a P-value equal to 0.631. The distribution according to blood groups shows that 50 positive isolates were distributed among eight blood groups; O+ (16%), O (12%) A+ (16%) A (10%) B+ (14%) B (12%) AB+ (12%) and AB (8%). The chi-square value is 2.160 and the p-value is as high as 0.950. The MIC results obtained with the VITEK-2 system revealed that there was resistance among the strains tested, with the lowest sensitivity to Gentamicin (GEN) at 78% and the lowest sensitivity to Aztreonam (ATM) at 0%. On the other hand, the highest resistance was recorded against Meropenem (MRP) with 96%, while iv Gentamicin (GEN) showed 22% resistance. This comparison was accompanied by a significant P-Value equal to 0.004. The results of amplification followed by sequencing showed different variations in the ExoA gene compared to the reference sequence CP075787.1 in the NCBI database. The isolate showing the highest variation rate also showed the highest biofilm production rate. Sequence analysis of the Flic gene also showed different variations when compared to the reference sequence with reference ID (L81147.1.). The samples with the highest variation rate showed high MIC levels. From the results of this study, it can be concluded that Pseudomonas aeruginosa infection is common in young adults. Gentamicin is effective in the treatment of most P. aeruginosa isolates due to high susceptibility rates. Genetic variations are positively correlated with biofilm production. Isolates with higher ExoA and FliC gene variations produced more biofilms. There is a positive correlation between genetic variations of ExoA and FliC genes and MIC. High antibiotic resistance is associated with gene variations.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    830159

    The effect of job satisfaction and ethical behavior on organizational commitment among Babylon District Directorate of National Education

    Babylon İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü çalışanlarında iş tatmini ve etik davranışın örgütsel bağlılığa etkisi

    SAIF MOHAMMED HASAN AL-GBURI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    İşletmeAltınbaş Üniversitesi

    İşletme Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BELLA GULSHAN

  2. Tez No

    786762

    The effect of role conflict and ethical climate on turnover intention

    Rol çatışması ve etik iklimin devir niyeti üzerindeki etkisi

    MUSTAFA WEFAQ IBRAHIM ALSHABBANI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    İşletmeİstanbul Gedik Üniversitesi

    İşletme Yönetimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET KESİK

  3. Tez No

    776871

    Assessment of nurses knowledge towards bariatric surgery at surgical wards at teaching hospitals in babil city

    Babil şehrindeki eğitim hastanelerinin ceraahi servislerinde hemşirelerin bariatrik cerrahiye yönelik bilgilerinin değerlendirilmesi

    RAWAA MAHDI ABDULHADI ABDULHADI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    HemşirelikÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Hemşirelik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AZİZE SERAP TUNÇER

  4. Tez No

    280449

    Mezopotamya'da iktisadi yapı, en eski çağlardan Asurlulara kadar

    In Mesopotamia, the economic structure the most ancient times until the Assyrian

    MURAT KAPLAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    ArkeolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tarih Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. FATİH ONUR

  5. Tez No

    514892

    Babil-İştar kapısı sırlı tuğlalarının karakterizasyonu ve korumaya yönelik öneriler

    The characterization and protection of the Babylonion Ishtar gate glazed bricks

    TUĞBA AKAR NOEİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ArkeometriKadir Has Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YONCA KÖSEBAY ERKAN

Geri Dön