Geri Dön

Accurate prediction of copper ligand binding energies

Bakir-ligand bağlayici serbest enerjinin doğru tahmini

  1. Tez No: 896174
  2. Yazar: CAN YÜKRÜK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. SALİH ÖZÇUBUKÇU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 83

Özet

Bu çalışmada, trientin türevlerinin sudaki bakıra bağlanma serbest enerjisini tahmin etmek için hesaplamalı bir protokol geliştirildi. Protokol, bakır, su ve Trientin arasında dengeli etkileşimler sağlayan dikkatle tasarlanmış bir dizi parametre kullanılarak yürütülen olan moleküler dinamik simülasyonlarına dayanır. Karmaşık sistemin örneklemesini geliştirmek için eğilimli bir moleküler dinamik tekniği olan şemsiye örnekleme tekniği kullanıldı. Bu araştırmanın nihai amacı, bakır ligand bağlama serbest enerjisinin doğru tahminlerini sağlayarak Wilson hastalığının tedavisi için yeni şelatların keşfedilmesine yardımcı olmaktır. Protokol hem güvenilir hem de hesaplama açısından uygun olacak şekilde tasarlandı.

Özet (Çeviri)

In this study, a computational protocol was developed to estimate the binding free energy of trientine derivatives to copper in water. Our protocol is based on molecular dynamics simulations, which were run using a carefully designed set of parameters that ensure balanced interactions between copper, water, and trientine derivates. A biased molecular dynamics technique, umbrella sampling was employed to enhance the sampling of the complex system. The goal of this research is to aid in the discovery of new chelators for the treatment of Wilsons disease by providing accurate predictions of copper-ligand binding free energy. The protocol was designed to be both reliable and computationally affordable.

Benzer Tezler

  1. Kimyasal çöktürme ile sülfat giderilmesinde yaklaşımlar ve uygulama esasları

    The Appoaches and applicational bases for sülfate treatment by chemical precipitation

    IŞIK KABDAŞLI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1995

    Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. OLCAY TÜNAY

  2. Bioaktif metal komplekslerinin moleküler modelleme teknikleri ile tasarlanarak sentezlenmesi

    Synthesis of bioactive metal complexes by desiging with molecular modelling techniques

    ŞÜKRÜ ERİŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    KimyaBalıkesir Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEDAT KARABULUT

  3. Three-site kinetic model for selective catalytic reduction of NOX with ammonia over a commercial catalyst for calibration of aftertreatment systems in diesel powered heavy duty vehicles

    Dizel motorlu ağır iş makinelerinin motor sonrası sistemi kalibrasyonu için ticari bir katalizör kullanılarak NOX'un amonyak ile seçici katalitik indirgenmesinin üç-siteli kinetik modeli

    GÜLDEN HAZAL KARADAĞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Kimya MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. CAN ERKEY

  4. Development of neuro-fuzzy models for hole drilling on Ti-6Al-4V and Inconel 718 using electrical discharge machining

    Ti-6Al-4V ve Inconel 718 malzemelerinde elektriksel erozyon yöntemiyle delik delme işlemi için sinirsel bulanık modeller geliştirilmesi

    FATİH ALAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Makine MühendisliğiGaziantep Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Bölümü

    YRD. DOÇ. DR. ALİ TOLGA BOZDANA

  5. Mikrokanallı ısı alıcılarında akan R134A'nın kaynamasının deneysel olarak araştırılması

    Experimental investigation of the boiling of R134A flowing through microchannel heat sinks

    CANSU ÖZMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Makine MühendisliğiYıldız Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET SELİM DALKILIÇ