Accurate prediction of copper ligand binding energies
Bakir-ligand bağlayici serbest enerjinin doğru tahmini
- Tez No: 896174
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SALİH ÖZÇUBUKÇU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, trientin türevlerinin sudaki bakıra bağlanma serbest enerjisini tahmin etmek için hesaplamalı bir protokol geliştirildi. Protokol, bakır, su ve Trientin arasında dengeli etkileşimler sağlayan dikkatle tasarlanmış bir dizi parametre kullanılarak yürütülen olan moleküler dinamik simülasyonlarına dayanır. Karmaşık sistemin örneklemesini geliştirmek için eğilimli bir moleküler dinamik tekniği olan şemsiye örnekleme tekniği kullanıldı. Bu araştırmanın nihai amacı, bakır ligand bağlama serbest enerjisinin doğru tahminlerini sağlayarak Wilson hastalığının tedavisi için yeni şelatların keşfedilmesine yardımcı olmaktır. Protokol hem güvenilir hem de hesaplama açısından uygun olacak şekilde tasarlandı.
Özet (Çeviri)
In this study, a computational protocol was developed to estimate the binding free energy of trientine derivatives to copper in water. Our protocol is based on molecular dynamics simulations, which were run using a carefully designed set of parameters that ensure balanced interactions between copper, water, and trientine derivates. A biased molecular dynamics technique, umbrella sampling was employed to enhance the sampling of the complex system. The goal of this research is to aid in the discovery of new chelators for the treatment of Wilsons disease by providing accurate predictions of copper-ligand binding free energy. The protocol was designed to be both reliable and computationally affordable.
Benzer Tezler
- Kimyasal çöktürme ile sülfat giderilmesinde yaklaşımlar ve uygulama esasları
The Appoaches and applicational bases for sülfate treatment by chemical precipitation
IŞIK KABDAŞLI
- Mikro ve makro besin elementlerinin spektrofotometrik akış enjeksiyon analizi için yöntem geliştirilmesi
Method development for spectrophotometric flow injection analysis of micro and macro nutrient elements
SEDA KARAPINAR
Doktora
Türkçe
2026
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİRSEN ÖZTÜRK
DR. EBRU ÇETİNKAYA
- Bioaktif metal komplekslerinin moleküler modelleme teknikleri ile tasarlanarak sentezlenmesi
Synthesis of bioactive metal complexes by desiging with molecular modelling techniques
ŞÜKRÜ ERİŞ
- Türk sanayi şirketlerinde sistematik risklerin önemi ve ölçülmesi- döviz kuru, faiz oranı ve emtia fiyatı risklerinin LSTM yapay sinir ağıla tahmin edilmesi
The importance and measurement of systematic risks in Turkish industrial companies-prediction of exchange rate, interest rate, and commodity price risks using LSTM neural network
MUSTAFA ADIGÜZEL
- Development of neuro-fuzzy models for hole drilling on Ti-6Al-4V and Inconel 718 using electrical discharge machining
Ti-6Al-4V ve Inconel 718 malzemelerinde elektriksel erozyon yöntemiyle delik delme işlemi için sinirsel bulanık modeller geliştirilmesi
FATİH ALAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Makine MühendisliğiGaziantep ÜniversitesiMakine Mühendisliği Bölümü
YRD. DOÇ. DR. ALİ TOLGA BOZDANA