Irak'ta bazı genetik ve bağışıklık sinyalleri kullanılarak SARS-CoV-2 hastalarının bakteriyolojik ve immünolojik çalışması
Bacteriological and immunological study of SARS-CoV-2 patients in Iraq using some genetic and immune signals
- Tez No: 907420
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ WAQAS SAADİ MAHMOOD
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 188
Özet
Bu çalışmanın amacı, COVID-19 hastalarında akciğer enfeksiyonuna neden olan ikincil bakterileri değerlendirmek ve SARS hastalarında ikincil bakteriyel enfeksiyonla ilişkili bağışıklık faktörlerinin yanı sıra, gen ekspresyonunu ve incelenen bağışıklık göstergeleriyle ilişkisi ile reaksiyonların duyarlılığını ve özgüllüğünü tespit ederek moleküler immünolojik testler için en uygun yöntemi belirlemektir. Bu amaçla, bu araştırmaya COVID-19 ile enfekte 236 Iraklı hasta katılmıştır. Tüm hastaların SARS COV-2 ile enfekte olduğu, nazofarengeal sürüntüden elde edilen polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak doğrulanmıştır. Daha ileri analizler için katılımcılardan kan örnekleri ve nazofarengeal sürüntü örnekleri tıp uzmanının rehberliğinde toplanmıştır. Çalışma grupları hafif enfeksiyonu olan SARS hastaları, ağır ve orta derecede viral enfeksiyona bağlı primer akciğer hasarı olan bir grup hasta ve sağlıklı birey olarak ayrılmıştır. Daha önce aşılanmış farklı yaşlardaki enfekte hastalardan, demografik veriler, semptomlar, komorbidite öyküsü, beslenme alışkanlıkları, ilaç öyküsü, biyokimyasal raporlar ve SARS-CoV-2'nin klinik öyküsü, hasta yaşı, cinsiyeti, enfeksiyon süresi ve varsa kronik hastalık türü gibi bilgiler elde edilmiştir. Ayrıca, incelenen değişkenleri bu türlere göre karşılaştırmak amacıyla, daha önce enfekte olmuş ve aşılanmamış hastaların aldıkları aşı türlerini de ayrı bir grup olarak ele alınmıştır. Araştırmaya hamile ve emziren kadınların yanı sıra katılmaya istekli olmadığını ifade eden hastalar dahil edilmemiştir. Çalışmaya katılanların yaşları 17 ile 89 arasında değişmektedir. Örnekler, enfeksiyon varlığını doğrulayan ikincil bakteriyel pnömoni açısından incelenmiştir. Ayrıca bu enfeksiyonla ilişkili risk faktörleri belirlenmiş ve bazı immünolojik ve genetik belirteçleri değerlendirilmiştir. Farklı bakteri türlerini izole etmek ve tanımlamak için balgam örnekleri, nazofarengeal sürüntüler ve oral sürüntüler kullanılmıştır. Erkeklerde sekonder bakteriyel pnömoni prevalansının (%67) kadınlara (%35,6) kıyasla daha yüksek olduğu görülmüştür. Antimikrobiyal ilaç duyarlılığını değerlendirmek için Kirby-Bauer yöntemi kullanılmış ve Mueller-Hinton agara 11 antibiyotik enjekte edilmiştir. TLR-2, ACE-2, FASL, RBD, IgG ve IgM seviyelerinin yanı sıra bazı genetik ve immünolojik belirteçleri kontrol etmek için enzime bağlı immünosorbent testi (ELISA) tekniği kullanılmıştır. Bu belirteçler birbirleriyle ve sekonder enfeksiyonla ilişkili bakterilerle anlamlı ilişkiler göstererek aralarında pozitif bir ilişki olduğunu ortaya koymuştur. Çalışmamız enfeksiyonla ilişkili bakteri türleri, patojen bakteriler ve mikrobiyom arasında çeşitlilik göstermiştir. Bakterilerin direnç ve virülans oranları da kantitatif ve kalitatif yöntemler kullanılarak biyofilm testi yoluyla değiştirilmiştir. Moleküler düzeyde, SARS-CoV-2 genlerinin viral yük ve döngü eşik değerleri değişmiştir. Birkaç gen üzerinde çalışılmıştır. Enfekte çalışma örneklerindeki ana banka geninin ekspresyon seviyelerinin yanı sıra, başka önemli bir ilişki olmaması koşuluyla, bu moleküler belirteçler ile çalışma gruplarındaki immünolojik ölçümler arasındaki ilişki incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
The aim of this study was to evaluate the secondary bacteria causing lung infection in COVID-19 patients and to determine the most appropriate method for molecular immunoassays by detecting the sensitivity and specificity of the reactions by detecting gene expression and its relationship with the immune indicators studied, as well as immune factors associated with secondary bacterial infection in SARS patients. To this end, 236 Iraqi patients infected with COVID-19 participated in this study. All patients were confirmed to be infected with SARS-COV-2 using polymerase chain reaction from nasopharyngeal swab. Blood samples and nasopharyngeal swab samples were collected from participants for further analysis under the guidance of a medical professional. The study groups were divided into SARS patients with mild infection, a group of patients with primary lung damage due to severe and moderate viral infection, and healthy individuals. From previously vaccinated infected patients of different ages, demographic data, symptoms, history of comorbidities, dietary habits, medication history, biochemical reports and clinical history of SARS-CoV-2, patient age, gender, duration of infection and type of chronic disease, if any, were obtained. In addition, the types of vaccines received by previously infected and unvaccinated patients were also considered as a separate group in order to compare the variables examined according to these types. Pregnant and breastfeeding women, as well as patients who expressed unwillingness to participate, were excluded. The ages of the study participants ranged from 17 to 89 years. Samples were examined for secondary bacterial pneumonia confirming the presence of infection. Risk factors associated with this infection were also identified and some immunologic and genetic markers were evaluated. Sputum samples, nasopharyngeal swabs and oral swabs were used to isolate and identify different bacterial species. A higher prevalence of secondary bacterial pneumonia was observed in males (67%) compared to females (35.6%). The Kirby-Bauer method was used to assess antimicrobial drug susceptibility and 11 antibiotics were injected into Mueller-Hinton agar. Enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) technique was used to check TLR-2, ACE-2, FASL, RBD, IgG and IgM levels as well as some genetic and immunological markers. These markers showed significant associations with each other and with bacteria study showed diversity among infection-associated bacterial species, pathogenic bacteria and the microbiome. Bacterial resistance and virulence rates were also modified through biofilm testing using quantitative and qualitative methods. At the molecular level, viral load and cycle thresholds of SARS-CoV-2 genes were altered. Several genes were studied. The expression levels of the main bank gene in the infected study samples, as well as the relationship between these molecular markers and immunological measurements in the study groups were examined, provided there were no other significant associations.
Benzer Tezler
- Determination of genetic relationship using rapd marker in some species of Astragalus L. (fabaceae) from Iraq
Irak'ta bazı Astragalus L. (Fabaceae) türlerı̇nde rapd markörü kullanılarak genetı̇k ı̇lı̇şkı̇lerı̇n belı̇rlenmesı̇
BASIM FADHIL ISMAEL ISMAEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİN BOZKURT
- Thi-Qar ilinde bazı HBS mutasyonlarının belirlenmesi ve Hepatit B'de bazı kan göstergelerinin tespiti
Determination some mutation of hbs and detection some blood indicators in Hepatitis B in Thi-Qar province
WAFIYAH RAISAN MOHAN ALKASSAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyomühendislikKırşehir Ahi Evran Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT ÇANLI
DR. ÖĞR. ÜYESİ AMRAN MEZHER LAWAS
- The correlation of ACE2 and IL-12 genes polymorphism and some immunological parameters on patients with COVID-19 disease in Iraq
Irak'ta COVID-19 hastalığı olan hastalarda ACE2 ve IL-12 gen polimorfizmi ile bazı immünolojik parametrelerin korelasyonu
ALAA KAREEM KADHIM AL-ZUBAIDI
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ REMZİ ORKUN AKGÜN
- The molecular screening of the virulence gene and blaCTX gene of resistant Salmonella typhi in Iraq
Irak'ta dirençli Salmonella typhi'nin virülans gen ve blaCTX geninin moleküler taraması
MUSTAFA ABBOOD MOHAMMED MOHAMMED
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ RAMAZAN SERDAR ESMER
DR. NABEEL AHMED RAJAB ALAARAJY
- In vitro (Rosmarinus officinalis L.) response to nanoparticles and their effects on secondary metabolite and genetic variation
İn vitro (Rosmarinus officinalis L.) nanoparçacıklara tepki ve sekonder metabolit ve genetik değişiklik üzerindeki etkileri
HUSSAM BASIM SALEH
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
ZiraatErciyes ÜniversitesiTarım Bilimleri ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZHAN ŞİMŞEK