Ekzom dizileme verilerinin yeniden analizi
Reanalysis of exome sequencing data
- Tez No: 910611
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU MARZİOĞLU ÖZDEMİR
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 73
Özet
Amaç: Altta yatan genetik bir duruma sahip olduğundan şüphelenilen hastadan alınan genomik bilgilerin yeniden analiz edilmesi, dizileme testinin tanısal verimini artırabilir ve potansiyel olarak hastaya ve sağlık sistemine önemli faydalar sağlayabilir. Dikkate değer sayıda çalışma, yeniden analizin klinik önemini göstermiştir. Bu çalışma neticesinde elde edilecek verilerin ekzom dizileme tetkiklerinin yeniden analizlenmesine dair yeni yaklaşımlar sunacağının gösterilmesi ve yeniden analizin öneminin ortaya konulması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu araştırmada, genetik kaynaklı şikayetleri olan 150 hastadan oluşan bir kohortun ekzom dizileme verileri, güncel biyoinformatik şartlarda analiz edilmiştir. Veriler, Seq platformu kullanılarak analiz edilmiş, varyantların belirlenmesi ve filtrelenmesi için belirli kriterler kullanılmıştır. Klinik anotasyon ve değerlendirme aşamalarıyla önemli varyantlar belirlenmiş ve IGV'de görsel olarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Yeniden analizde olguların %95,3'ünde fark saptanmıştır. Farklılık oluşturan nedenler arasında tesadüfi bulgular(%71), raporlanmayan LP/P varyantlar(%68), patojenite sınıflandırmasındaki değişiklikler(%36) bulunmaktadır. Kalite kontrol parametreleri, VUS varyant yorumlama farklılıkları, birincil tanı, bilgi eksikliği de fark oluşturabilecek diğer nedenler olarak değerlendirilmiş fakat anlamlı bulunmamıştır. Sonuç: Çalışmamızda, ekzom verilerinin yeniden analizi sonucunda anlamlı farklar tespit edildi. Tesadüfi bulgular, raporlanmamış patojenik varyantlar ve varyant patojenite sınıflandırmasındaki değişiklikler önemli parametrelerdi. Ortalama derinlik değeri, VUS varyantların yorumlanmasındaki farklılıklar, birincil tanı ve bilgi eksikliği parametrelerinin anlamlılığı için daha büyük örneklem ve ileri çalışmalara ihtiyaç olduğu belirtilmiştir. Çalışmamızda yeniden analizin önemi vurgulanmış ve önerilmiştir.
Özet (Çeviri)
Objective: Reanalyzing genomic information from a patient suspected to have an underlying genetic condition can enhance the diagnostic yield of sequencing tests and potentially provide significant benefits to both the patient and the healthcare system. Numerous studies have demonstrated the clinical significance of reanalysis. The aim of this study is to demonstrate that the data obtained from the reanalysis of exome sequencing tests will present new approaches and underscore the importance of reanalysis in providing valuable insights for the diagnosis of individuals with suspected genetic conditions. Materials and Methods: In this research, exome sequencing data from a cohort of 150 patients with genetically related complaints were analyzed using current bioinformatics tools. The data were processed using the Seq platform, and specific criteria were applied for variant identification and filtering. Significant variants were determined through clinical annotation and assessment, followed by visual evaluation in the Integrated Genomics Viewer (IGV). Results: A difference was detected in 95.3% of cases during reanalysis. Reasons for the discrepancies included incidental findings (71%), unreported potentially pathogenic variants (68%), and changes in pathogenicity classifications (36%). Quality control parameters, variant interpretation differences, primary diagnosis, and information gaps were considered as potential contributing factors but were not found to be statistically significant. Conclusion: Our study revealed substantial differences in the reanalysis of exome data. Incidental findings, unreported pathogenic variants, and changes in variant pathogenicity classifications were identified as crucial parameters. The study suggests the need for larger sample sizes and further research to assess the significance of average depth value, interpretation differences in variants of uncertain significance (VUS), primary diagnosis, and information gaps. The importance of reanalysis was emphasized and recommended in our study.
Benzer Tezler
- Utility of resequencing and reanalysis for unsolved rare diseases
Çözülmemiş nadir hastalık vakalarında yeniden dizileme ve analizin önemi
ÖMER FARUK YAZAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyoistatistikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
PROF. DR. FATİH SÜHEYL EZGÜ
- Molecular and functional investigation of disease-associated cytoskeletal proteins protrudin and MYO1H
Hastalık ilişkili sitoskeletal proteinler protrudin ve MYO1H'nin moleküler ve fonksiyonel araştırılması
ECE SELÇUK ŞAHİN
Doktora
İngilizce
2024
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Moleküler tanısı olmayan primer siliyer diskinezi ön tanılı hastaların tüm ekzom dizileme analizi verilerinin retrospektif olarak yeniden değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of whole exome sequencing data of patients with suspected primary ciliary dyskinesia without molecular diagnosis
TİLBE HAKÇIL ÖZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
GenetikGazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLSÜM KAYHAN
- Tüm ekzom dizi analizi normal olarak sonuçlanan hastaların verilerinin güncel literatür ve veri tabanları eşliğinde yeniden analizi
Başlık çevirisi yok
HÜSNÜ MUTLU TURAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
GenetikSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CAVİDAN NUR SEMERCİ GÜNDÜZ
- Molecular diagnosis with exome sequencing re-analysis of undiagnosed and rare diseases
Tanısız ve nadir hastalıklarda yeniden ekzom dizileme analizi ile moleküler tanı
SEZER AKYÖNEY
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
GenetikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZDEN HATIRNAZ NG
DR. ÖZKAN ÖZDEMİR