C15H15NO2 (I), C14H12INO (II), C16H15N3O3 (III), C54H60CuN2O4 (IV) ve C48H60CuN2O6 (V) moleküllerinin X-ışınları, kuramsal, moleküler kenetlenme ve spektroskopik yöntemlerle incelenmesi
Investigation of C15H15NO2 (I), C14H12INO (II), C16H15N3O3 (III),C54H60CuN2O4 (IV) and C48H60CuN2O6 (V) molecules by X-ray, theoretical, molecular docking and spectroscopic methods
- Tez No: 951376
- Danışmanlar: PROF. DR. METİN YAVUZ, DOÇ. DR. ALİYE GEDİZ ERTÜRK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 209
Özet
“C15H15NO2 (I), C14H12INO (II), C16H15N3O3 (III), C54H60CuN2O4 (IV) ve C48H60CuN2O6 (V) Moleküllerinin X-Işınları, Kuramsal, Moleküler Kenetlenme Ve Spektroskopik Yöntemlerle İncelenmesi”tez başlığı altında ilk defa sentezlenmiş olan C15H15NO2 (I), C14H12INO (II), C16H15N3O3 (III), C54H60CuN2O4 (IV) ve C48H60CuN2O6 (V) bileşiklerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda incelenen bileşiklerin moleküler yapıları, geometrik parametreleri, bağ açıları, bağ uzunlukları, burulma açıları, hidrojen bağ geometrileri ve paketlenme yapıları aydınlatılmıştır. (I), (II) ve (III) bileşiklerin IR, UV-Vis ve 13C-NMR ve 1H-NMR çalışmaları deneysel olarak gerçekleştirilmiş olup bileşiklerin yapı karakterizasyonu aydınlatılmıştır. (IV) ve (V) bileşikleri için ise IR ve UV-Vis çalışmaları yapı aydınlatılmasında kullanılmıştır. Tüm bileşiklerin Gaussian hesaplamaları yapılarak bileşiklerin bağ uzunlukları, bağ açıları, burulma açıları, dipol momentleri, toplam enerjileri, RMS gradyent normları, polarize edilebilirlikleri, deneysel ve kuramsal verilerin üst üste bindirilerek gösterdikleri uyum değerleri, Mulliken Nüfus analizleri, atomik polar tensörleri, doğal atomik yük değerleri hesaplanmıştır. Ek olarak, incelenecek tüm bileşiklerin HOMO-LUMO enerji değerleri, MEP haritaları, kontur yüzeyleri, moleküler elektronik özellikleri hesaplanmıştır. İncelenen tüm bileşiklerin Hirshfeld yüzey analizleri, parmak izi bölgeleri belirlenmiş ve atomlar arasındaki etkileşimler görselleştirilerek açıklanmıştır. Ayrıca, tüm bileşikler için, NBO analizi ile atomlar arasındaki etkileşim ve olası geçişler için enerji değerleri hesaplanarak yorumlanmıştır. Bunlara ek olarak, tüm bileşikler için, moleküler kenetlenme çalışması yapılmış olup bileşiklerin için hedef protein yapıları belirlenmiştir. Ayrıca, bağlanma için gerekli olan enerji değerleri hesaplanmış, aminoasitler ile etkileşimleri incelenmiş, fizikokimyasal özellikleri, lipofiliklikleri, sıvı çözünürlükleri, farmokinetik özellikleri, ilaç benzerlikleri ve tıbbi kimya verileri hesaplanmış ve yorumlanmıştır. İlaç olarak üretilmeleri durumunda kan-beyin bariyeri tarafından maruz kalacakları durum tartışılmıştır. (IV) ve (V) bileşiklerinin yapısında 120'den fazla atom olduğu için Fukui fonksiyon analizi ve DNA bazlı ECT analizleri yapılamadı. (I), (II) ve (III) bileşikleri küçük yapılar olduğu için Fukui fonksiyon analizleri yapılarak elektrofilik eğilimleri belirlenmiştir. Ayrıca, DNA bazlı ECT analizler yapılarak bileşiklerin adenin, guanin, stozin ve timin aminoasitleri ile etkileşimleri belirlenmiştir. Yapılan tüm hesaplamalar sonucunda elde edilen bileşiğe dair veriler tartışılmıştır.
Özet (Çeviri)
This thesis, titled“Investigation of C15H15NO2 (I), C14H12INO (II), C16H15N3O3 (III), C54H60CuN2O4 (IV) and C48H60CuN2O6 (V) Molecules by X-Ray, Theoretical, Molecular Docking and Spectroscopic Methods”focuses on the synthesis and comprehensive analysis of five novel compounds: C₁₅H₁₅NO₂ (I), C₁₄H₁₂INO (II), C₁₆H₁₅N₃O₃ (III), C₅₄H₆₀CuN₂O₄ (IV), and C₄₈H₆₀CuN₂O₆ (V). The study determined the molecular structures, geometrical parameters, bond angles, bond lengths, torsion angles, hydrogen bond geometries, and crystal packing patterns of these compounds using single-crystal X-ray diffraction analysis. For structural characterization, I recorded IR, UV-Vis, 1H-NMR, and 13C-NMR spectra of compounds (I), (II), and (III), while I employed IR and UV-Vis spectroscopy for compounds (IV) and (V). The study also performed Gaussian computational analyses to calculate bond lengths, bond angles, torsion angles, dipole moments, total energies, RMS gradient norms, polarizabilities, and natural atomic charge values for all compounds. The comparison between experimental and theoretical data relied on superimposition analyses to evaluate their consistency. Additionally, the research included Mulliken population analysis, atomic polar tensor calculations, and natural bond orbital (NBO) analysis to clarify electronic distributions and intramolecular interactions. I computed HOMO-LUMO energy gaps, molecular electrostatic potential (MEP) maps, contour surface plots, and other electronic properties. I generated Hirshfeld surface analyses and 2D fingerprint plots to visualize and interpret intermolecular interactions within the crystal structures. In the molecular docking studies, I identified relevant target protein structures for each compound and calculated their binding energy values. I examined the amino acid interactions and evaluated the physicochemical properties, lipophilicity, aqueous solubility, pharmacokinetic profiles, drug-likeness parameters, and medicinal chemistry characteristics. Furthermore, I assessed the compounds' potential to cross the blood-brain barrier, considering their pharmaceutical applicability. Because of the large molecular sizes of compounds (IV) and (V), which exceed 120 atoms, I did not perform Fukui function analyses and DNA-based electron charge transfer (ECT) analyses on them. However, for compounds (I), (II), and (III), I conducted Fukui function analyses to determine electrophilic and nucleophilic tendencies and performed DNA-based ECT analyses to investigate interactions with the DNA bases adenine, guanine, cytosine, and thymine. The study concludes with a comprehensive discussion and interpretation of the experimental and computational findings.
Benzer Tezler
- Bazı metoksisalisilidenalinlerin yapısal özelliklerinin deneysel X-ışını kırınımı ve kuramsal yöntemlerle incelenmesi
The investigation of structural properties of some methoxysalicylanilines by experimental X-ray diffraction and theoretical methods
ONUR ŞAHİN
Doktora
Türkçe
2012
Fizik ve Fizik MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. ORHAN BÜYÜKGÜNGÖR
- 5-metoksisalisilaldehit türevi olan Schiff bazlarının deneysel x-ışını kırınımı ve kuramsal yöntemlerle incelenmesi
The experimental x-ray diffraction and theoretical investigations of structural features of 5-methoxysalicylaldehyde Schiff base derivatives
ARZU ÖZEK
Doktora
Türkçe
2010
Fizik ve Fizik MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN BÜYÜKGÜNGÖR
- Bazı izoindolo-oksazinon bileşiklerinin sentezi, yapısal özelliklerinin spektroskopik, deneysel x-ışını kırınımı ve teorik yöntemlerle incelenmesi
Synthesis of some izoindolo-oksazinon compounds,examining their structural properties with spectroscopic, experimental methods of x-ray diffraction and theoretical methods
HASAN ALPTUĞ AKGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Kimya MühendisliğiPamukkale ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ODABAŞOĞLU
- Bazı moleküllerin x-ışını kırınımı yöntemiyle incelenmesi
Analyses of some molecule by x-ray diffraction techniqens
TUBA BÜYÜKDEMİRKIRAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Fizik ve Fizik MühendisliğiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET ASLANTAŞ
- Silisyum tabanlı organik metal yarıiletken kontakların fotodiyot ve elektiriksel karakterizasyonu
Photodiode and electrical characterization of silicon-based organic metal semiconductor contacts
ERHAN AKYOL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Fizik ve Fizik MühendisliğiBingöl ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEZİR YILDIRIM