In silico investigation of the atavistic model of cancer
Kanserin atavistik modelinin in silico araştırılması
- Tez No: 953285
- Danışmanlar: ÖĞR. GÖR. ATHANASIA PAVLOPOULOU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 61
Özet
Amaç: Kanser, hücresel iş birliğini sağlayan genlerin görevlerini yerine getirememelerinden kaynaklanarak çok hücreli sistemlerin işleyişini bozar. Dikkat çekici bir şekilde, kanser atavistik özellikler gösterir; bu, kanser hücrelerinin geleneksel Darwinci evrimden saparak evrimsel yollarında kendine özgü bir rota izlediklerini gösterir. Bu bağlamda, kanser hücreleri kontrolsüz çoğalma, hücre ölüm mekanizmalarından kaçış ve değişmiş metabolizma gibi hücre büyümesi ve hayatta kalma ile ilgili eski biyolojik programları yansıtan özellikler sergileyebilir. Bu çalışmada bazal metazoan Hydra'da oluşan tümörlerle ilişkili proteinleri ve bunların farklı taksonlar boyunca korunmasını analiz ederek kanserin evrimsel kökenini incelemek amaçlanmıştır. Bu çalışmada Hydra tümörlerinde protein kodlayan transkriptlerin evrimsel korunma durumunu araştırmak için biyoinformatik yaklaşımlar kullanılmıştır. Bu analizler, hem tek hücreli hem de çok hücreli yaşam formlarını temsil eden türler arasında gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Hydra tümörleriyle ilişkili proteinlerin taksonomik dağılımını inceleyerek, kanserin evrimsel kökenleri seçilen temsilci türler boyunca takip edilmiştir. Hydra tümörlerinde protein kodlayan genlerin çoğunluğunun tek hücreli kökenli olduğu ve insanda kanserle ilişkili olduğu bulunmuştur. Sonuç: Çalışmada Hydra tümörlerinde ifade edilen genlerin evrimsel süreç boyunca korunumu ortaya çıkarılmıştır. Hydra'nın kanser araştırmalarında model organizma olarak değerlendirilebileceği önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
Purpose: Cancer manifests as a disruption in the regular functioning of multicellular systems, arising from the malfunctioning of genes responsible for cellular cooperation. Notably, cancer exhibits atavistic characteristics, wherein cancer cells diverge from the conventional Darwinian evolution, highlighting a distinctive trajectory in their evolutionary fate. In this context, cancer cells may display traits such as uncontrolled proliferation, evasion of cell death mechanisms and altered metabolism, which could reflect ancient biological programs related to cell growth and survival. The objective of this study was to trace the evolutionary origin of cancer by analyzing tumor-related proteins in the basal metazoan Hydra and their preservation across diverse taxa. To this end, bioinformatic approaches were employed to investigate the conservation status of protein-coding transcripts that are differentially expressed in the tumor-bearing Hydra across species, representing both unicellular and multicellular forms of life. By examining the taxonomic distribution of the Hydra polyp-related proteins, we have traced the ancient evolutionary roots of cancer through the tree of life. The majority of protein-coding genes were found to be of unicellular origin and associated with cancer. We suggest conservation of the atavistic model of cancer in the basal tumor-bearing animals, which can be considered as promising and intriguing candidate model organisms in cancer research.
Benzer Tezler
- Investigation of asymmetric synthesis of chiral amines by biological oxidoreductase enzymes by computational methods
Biyolojik oksidoredüktaz enzimleri ile kiral aminlerin asimetrik sentezinin hesaplamalı kimya yöntemleri ile incelenmesi
MERVE KOPAR
- Investigation of the structural properties of silicene nanoribbons by molecular dynamics simulations
Moleküler dinamik benzetimi ile silisen nanoşeritlerin yapısal özelliklerinin incelenmesi
ALPER İNCE
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Fizik ve Fizik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞAKİR ERKOÇ
PROF. DR. MEHMET KADRİ AYDINOL
- Multi-scale modeling and investigation of activation mechanisms of G protein-coupled receptors
G-protein kenetli reseptörlerin aktivasyon mekanizmalarının çok boyutlu modelleme yöntemleri ile incelenmesi
RAMİN EKHTEIARI SALMAS
Doktora
İngilizce
2015
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. MİNE YURTSEVER
Assoc. Prof. Dr. SERDAR DURDAĞI
- Investigation of the structural properties of low dimensional nanostructures: Molecular dynamics simulations
Düşük boyutlu nanoyapıların yapısal özelliklerinin incelenmesi: Molekül dinamiği benzetişimleri
BURAK ÖZDAMAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Fizik ve Fizik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞAKİR ERKOÇ
- Fusarium oxysporum enzimlerinin inhibisyonunun in silico incelenmesi
In silico investigation of the inhibition of Fusarium oxysporum enzymes
İPEK FATMA SALİHOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyokimyaÜsküdar ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY