TGFβ1 geninin non-sinonim tek nükleotid polimorfizmlerinin sanal fonksiyonel profili
The virtual functional profile of non-synonymous single nucleotide polymorphisms of the TGFβ1 gene
- Tez No: 961706
- Danışmanlar: PROF. DR. MELİHA BURCU IRMAK YAZICIOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Atlas Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
TGF-β sinyal yolağındaki mekanizmalar, birçok patolojik durumda önemli roller üstlenebilir. Enfeksiyon hastalıkları, inflamatuvar hastalıklar, fibrotik hastalıklar, anormal yara iyileşmesi, gelişimsel bozukluk, tümörler gibi birçok hastalığın oluşmasına neden olabilir. Bu tez çalışmasında, TGFβ1 geninin üzerindeki patojenik olan nsSNP'lerinin in siliko araçlarla çıkarılıp yapısal ve fonksiyonel analizlerini hesaplamalı yaklaşımlar ile gerçekleştirerek protein yapısı, fonksiyonu ve hastalık ilişkisi üzerindeki etkilerine bakılması amaçlanmıştır. Yapılan bu tez çalışmasında TGFβ1 geni nsSNP'leri ClinVar veritabanından elde edilip in siliko araçlarla (SIFT, PROVEAN, PolyPhen-2, Fathmm-xf, SNP&GO) patojenitesi en yüksek varyantlar eşik değere bakılarak V339D, P363R, C387G, H312Y, L298P, R50C, M382T, L260P, Y328C, I49S, C387S belirlenmiştir. Bu 11 varyant ConSurf analiziyle protein üzerindeki korunmuşluk skorları incelenip en korunmuş bölgede yer alan I49S, R50C, L298P, H312Y, Y328C, P363R, M382T, C387G, C387S varyantları belirlenmiştir. ERIS protein stabilite analizleri sonucunda C387G, C387S, I49S, V339D, L260P, L298P, M382T, R50C varyantlarının protein stabilitesini bozduğu belirlenmiştir. HOPE analizi sonucunda 11 varyantın boyutlarında, akımlarında ve hidrofobiklik durumlarında değişim gözlenmiştir. MutPred-2 analizinde belirlenen 11 varyantın hepsinde biyokimyasal olarak kayıplar ve kazanımlar olmuştur. I-TASSER sonuçlarında her nsSNP varyant için en yüksek C-skoruna sahip varyant L260P (-0.31) seçilmiştir
Özet (Çeviri)
It is evident that mechanisms within the TGF-β signalling pathway can assume pivotal functions in a multitude of pathological conditions. These factors have been demonstrated to be associated with a multitude of pathological conditions, including, but not limited to, infectious diseases, inflammatory diseases, fibrotic diseases, abnormal wound healing, developmental disorders, and tumours. The objective of this thesis study is to examine the effects of pathogenic nsSNPs on the TGFβ1 gene. To this end, the aim is to identify them using in silico tools and to perform structural and functional analyses using computational approaches. This will allow investigation of their impact on protein structure, function, and disease association. In this thesis study, nsSNPs of the TGFβ1 gene were obtained from the ClinVar database and analysed using in silico tools (SIFT, PROVEAN, PolyPhen-2, Fathmm-xf, SNP&GO). The variants with the highest pathogenicity were determined to be V339D, P363R, C387G, H312Y, L298P, R50C, M382T, L260P, Y328C, I49S, and C387S. These 11 variants were analysed using ConSurf to examine their conservation scores on the protein. The variants I49S, R50C, L298P, H312Y, Y328C, P363R, M382T, C387G, and C387S were identified as being located in the most conserved region. ERIS protein stability analyses revealed that the C387G, C387S, I49S, V339D, L260P, L298P, M382T, and R50C variants disrupt protein stability. The application of the HOPE (Hierarchical Organization of Protein Expression) analysis revealed alterations in the size, current, and hydrophobicity of the 11 variants. In the MutPred-2 analysis, all 11 variants exhibited biochemical losses and gains. In the I-TASSER results, the variant with the highest C-score for each nsSNP variant, L260P (-0.31), was selected.
Benzer Tezler
- BRCA1 mutant olan ve olmayan meme kanser hücre hatlarında wısp-1 geninin ekspresyonunun araştırılması
Investigation of expression of wisp-1 gene in BRCA1 mutant and non-mutant breast cancer cell lines
BEYZA AKIN MUTLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜLYA YAZICI
- TGF-β1 ile transfekte edilmiş pulpal kök hücre ve PRP uygulamasının kondrojenik diferensiasyon üzerine etkileri
Effects of TGF-β1 transfected pulpal stem cell and PRP application on chondrogenic differentiation
HASAN SALKIN
- Sınıf II ve yüksek vertikal yüz boyutuna sahip temporomandibuler eklem hastalığı olan bireylerde MMP1 RS1799750 polimorfizmi ve TGF-ß rs1800470 polimorfizminin incelenmesi
Investigation of MMP1 RS1799750 polymorphism and TGF-ß RS1800470 polymorphism in individuals with class II hyperdivergent deformities with temporomandibular joint disease
BEGÜM TURAN
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2023
Diş HekimliğiMarmara ÜniversitesiOrtodonti Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELVAN ÖNEM ÖZBİLEN
DR. ÖĞR. ÜYESİ BESTE TACAL ASLAN
- Association of single nucleotide polymorphisms with type 2 diabetes mellitus
Tek nükleotid polimorfizmlerinin tip 2 diyabet ile ilişkilendirilmesi
GİZEM DOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK BALIK
- Bazı çiftlik hayvanlarında transforming growth faktörün (TGF BETA) biyoinformatik karakterizasyonu
Bioinformatic characterization of transforming growth factor (TGF BETA) in some livestock
NESLİNUR ATAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikEge ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
PROF. YAKUT GEVREKÇİ
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE DİLŞAT YEĞENOĞLU