TGFβ1 geninin non-sinonim tek nükleotid polimorfizmlerinin sanal fonksiyonel profili
The virtual functional profile of non-synonymous single nucleotide polymorphisms of the TGFβ1 gene
- Tez No: 961706
- Danışmanlar: PROF. DR. MELİHA BURCU IRMAK YAZICIOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Atlas Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
TGF-β sinyal yolağındaki mekanizmalar, birçok patolojik durumda önemli roller üstlenebilir. Enfeksiyon hastalıkları, inflamatuvar hastalıklar, fibrotik hastalıklar, anormal yara iyileşmesi, gelişimsel bozukluk, tümörler gibi birçok hastalığın oluşmasına neden olabilir. Bu tez çalışmasında, TGFβ1 geninin üzerindeki patojenik olan nsSNP'lerinin in siliko araçlarla çıkarılıp yapısal ve fonksiyonel analizlerini hesaplamalı yaklaşımlar ile gerçekleştirerek protein yapısı, fonksiyonu ve hastalık ilişkisi üzerindeki etkilerine bakılması amaçlanmıştır. Yapılan bu tez çalışmasında TGFβ1 geni nsSNP'leri ClinVar veritabanından elde edilip in siliko araçlarla (SIFT, PROVEAN, PolyPhen-2, Fathmm-xf, SNP&GO) patojenitesi en yüksek varyantlar eşik değere bakılarak V339D, P363R, C387G, H312Y, L298P, R50C, M382T, L260P, Y328C, I49S, C387S belirlenmiştir. Bu 11 varyant ConSurf analiziyle protein üzerindeki korunmuşluk skorları incelenip en korunmuş bölgede yer alan I49S, R50C, L298P, H312Y, Y328C, P363R, M382T, C387G, C387S varyantları belirlenmiştir. ERIS protein stabilite analizleri sonucunda C387G, C387S, I49S, V339D, L260P, L298P, M382T, R50C varyantlarının protein stabilitesini bozduğu belirlenmiştir. HOPE analizi sonucunda 11 varyantın boyutlarında, akımlarında ve hidrofobiklik durumlarında değişim gözlenmiştir. MutPred-2 analizinde belirlenen 11 varyantın hepsinde biyokimyasal olarak kayıplar ve kazanımlar olmuştur. I-TASSER sonuçlarında her nsSNP varyant için en yüksek C-skoruna sahip varyant L260P (-0.31) seçilmiştir
Özet (Çeviri)
It is evident that mechanisms within the TGF-β signalling pathway can assume pivotal functions in a multitude of pathological conditions. These factors have been demonstrated to be associated with a multitude of pathological conditions, including, but not limited to, infectious diseases, inflammatory diseases, fibrotic diseases, abnormal wound healing, developmental disorders, and tumours. The objective of this thesis study is to examine the effects of pathogenic nsSNPs on the TGFβ1 gene. To this end, the aim is to identify them using in silico tools and to perform structural and functional analyses using computational approaches. This will allow investigation of their impact on protein structure, function, and disease association. In this thesis study, nsSNPs of the TGFβ1 gene were obtained from the ClinVar database and analysed using in silico tools (SIFT, PROVEAN, PolyPhen-2, Fathmm-xf, SNP&GO). The variants with the highest pathogenicity were determined to be V339D, P363R, C387G, H312Y, L298P, R50C, M382T, L260P, Y328C, I49S, and C387S. These 11 variants were analysed using ConSurf to examine their conservation scores on the protein. The variants I49S, R50C, L298P, H312Y, Y328C, P363R, M382T, C387G, and C387S were identified as being located in the most conserved region. ERIS protein stability analyses revealed that the C387G, C387S, I49S, V339D, L260P, L298P, M382T, and R50C variants disrupt protein stability. The application of the HOPE (Hierarchical Organization of Protein Expression) analysis revealed alterations in the size, current, and hydrophobicity of the 11 variants. In the MutPred-2 analysis, all 11 variants exhibited biochemical losses and gains. In the I-TASSER results, the variant with the highest C-score for each nsSNP variant, L260P (-0.31), was selected.
Benzer Tezler
- Nikel (II) ve demir (III) nitrit komplekslerinin sulu ortamdaki ardışık oluşumunun potansiyometrik ve spektrofotometrik yöntemle incelenmesi
Potentiometric and spectrophotometric studies on the stepwise formation of cmoplexes of nicel (II) and iron (III) nitrites in aqueous solution
F. BEDİA ERİM
- Kiselgur taşıyıcı üzerinde nikel katalizör hazırlanması
Başlık çevirisi yok
ORHAN ÇAKIRER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Kimyaİstanbul ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. İSMET GÜRGEY
- Kenar ağlarında nokta yatay konumu inceliği
The Precission for the horizontal position of the point in trilateration net
ALİ RIZA YURDAKUL
- Sınırlandırılmış yol-hız-zaman uzayında lineer bir katar seyir modeli için optimal enerjili hız yörüngelerinin belirlenmesi
Başlık çevirisi yok
HALUK GERÇEK
- Örenlice-Eskiköy (Sivas) yöresinin stratigrafik ve tektonik özellikleri
Başlık çevirisi yok
HALİL GÜRSOY