Geri Dön

Kahverengi alabalıklarda (Salmo trutta) crabp (hücresel retinoik sit bağlayıcı protein) geninin moleküler karakterizasyonu

Molecular characterization of the crabp (cellular retinoic acid binding protein) gene in brown trout (Salmo trutta)

PDF İndir

  1. Tez No: 986113
  2. Yazar: EMRE SEFA
  3. Danışmanlar: PROF. HARUN ARSLAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Su Ürünleri, Aquatic Products
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Atatürk Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Su Ürünleri Mühendisliği Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Amaç: Kahverengi alabalıkta (Salmo trutta) hücresel retinoik asit bağlayıcı protein 1a (crabp1a) geninin cDNA dizisinin moleküler klonlama ile ortaya konulması, gen transkriptleri ve genomik organizasyonunun biyoenformatik yaklaşımlarla kapsamlı biçimde karakterize edilmesi ve akut stres koşulları altında karaciğer ile solungaç dokularında, cinsiyete bağlı doku-spesifik mRNA ekspresyon yanıtlarının nicel olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda akut stres, balıkların ani ve kısa süreli çevresel değişimlere karşı geliştirdiği hızlı fizyolojik yanıt olarak tanımlanmış; deneysel model olarak yakalama stresi (YS) ve düşük su stresi (DSS) uygulanmıştır. Yöntem:Araştırma, üç aşamalı bir deneysel tasarım çerçevesinde yürütülmüştür. Birinci aşamada kahverengi alabalık (Salmo trutta) örneklerinden hücresel retinoik asit bağlayıcı protein 1a (crabp1a) genine ait cDNA dizisi elde edilerek moleküler klonlama ve dizileme analizleri gerçekleştirilmiştir. İkinci aşamada crabp1a geninin nükleotid dizisi, genomik (ekzon–intron) organizasyonu ve diğer türlerle filogenetik ilişkileri biyoenformatik araçlar kullanılarak ayrıntılı biçimde karakterize edilmiştir. Son aşamada bireyler yakalama stresi (YS) ve düşük su stresi (DSS) olmak üzere iki farklı akut stres protokolüne tabi tutulmuş; 0., 60. ve 120. dakikalarda karaciğer ve solungaç dokularından alınan örneklerde crabp1a mRNA ekspresyon düzeyleri belirlenmiş ve 2–ΔΔCt yöntemi kullanılarak kat değişimleri hesaplanmıştır. Bulgular: Akut stres uygulamaları St-crabp1a ekspresyonunda dokuya, stres tipine ve zamana bağlı belirgin farklılıklar oluşturmuştur. Karaciğer dokusunda yakalama stresi, 0. ve 60. dakikalarda crabp1a mRNA düzeyini kontrol grubuna göre yaklaşık dört kat artırmış, 120. dakikada ise ekspresyon düzeyi başlangıç değerlerine gerilemiştir. Düşük su stresinde karaciğer crabp1a ekspresyonunda erken dönemde hafif bir azalma gözlenmiş, sonraki zaman noktalarında ise kontrol seviyelerine yakın değerler elde edilmiştir. Solungaç dokusunda yakalama stresi 0. dakikada yaklaşık iki katlık bir artışa yol açmış, 60. ve 120. dakikalarda ekspresyon kademeli olarak azalmıştır. Buna karşılık düşük su stresi, solungaçta 0. ve 60. dakikalarda ekspresyonu baskılarken, 120. dakikada crabp1a mRNA düzeyi kontrol grubuna göre yaklaşık dokuz kat artış göstermiştir. Sonuç: Elde edilen bulgular, kahverengi alabalıkta crabp1a geninin moleküler özelliklerinin tanımlandığını ve bu genin akut stres koşullarına duyarlı bir şekilde düzenlendiğini ortaya koymuştur. Yakalama stresi karaciğer ve solungaçta daha çok erken dönemde geçici bir ekspresyon artışı oluştururken, düşük su stresi özellikle solungaç dokusunda geç dönemde belirgin bir uyarılmaya neden olmuştur. Bu sonuçlar, hücresel retinoik asit bağlayıcı proteinlerin kahverengi alabalıkta stresle ilişkili hücresel yanıtların düzenlenmesinde rol oynayabileceğini düşündürmektedir.

Özet (Çeviri)

Purpose: The objective was to elucidate, by molecular cloning, the cDNA sequence of the cellular retinoic acid-binding protein 1a (crabp1a) gene in brown trout (Salmo trutta), to comprehensively characterize its gene transcripts and genomic organization using bioinformatic approaches, and to quantitatively evaluate sex-dependent, tissue-specific mRNA expression responses in liver and gill tissues under acute stress conditions. In this context, acute stress was defined as the rapid physiological response of fish to sudden and short-term environmental changes, and capture stress (CS) and low-water stress (LWS) were applied as experimental models. Method: The study used a three-stage experimental design. In the first stage, cDNA corresponding to the cellular retinoic acid-binding protein 1a (crabp1a) gene was obtained from brown trout (Salmo trutta) samples, and molecular cloning and sequencing analyses were performed. In the second stage, the nucleotide sequence, genomic (exon–intron) organization, and phylogenetic relationships of the crabp1a gene with other species were characterized in detail using bioinformatic tools. In the final stage, individuals were subjected to two different acute stress protocols, namely capture stress (CS) and low-water stress (LWS); crabp1a mRNA expression levels were determined in liver and gill samples collected at 0, 60, and 120 minutes, and fold changes were calculated using the 2^–ΔΔCt method. Findings: Acute stress applications produced marked differences in crabp1a expression across tissues, stressor types, and time points. In liver tissue, capture stress increased crabp1a mRNA levels approximately four-fold relative to the control group at 0 and 60 minutes, whereas at 120 minutes, expression levels declined to baseline values. Under low-water stress, a slight early decrease in hepatic crabp1a expression was observed, and values close to control levels were obtained at subsequent time points. In gill tissue, capture stress caused an approximately two-fold increase at 0 minutes, and expression decreased gradually at 60 and 120 minutes. Conversely, low-water stress suppressed expression in the gill at 0 and 60 minutes, whereas at 120 minutes crabp1a mRNA levels increased to approximately nine-fold higher than in the control group. Results: The findings demonstrate that the molecular characteristics of the St-crabp1a gene in brown trout have been defined and that this gene is regulated in a manner sensitive to acute stress conditions. Capture stress induced an early and transient increase in expression in liver and gill, whereas low-water stress led to a pronounced late-phase induction, particularly in gill tissue. These results suggest that cellular retinoic acid-binding proteins may play a role in the regulation of stress-related cellular responses in brown trout.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    398725

    Gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) ve kahverengi alabalığın (Salmo trutta Ssp) farklı oranlarda birlikte yetiştiriciliğinin büyüme performansı, yem değerlendirme ve davranış üzerine etkileri

    The effects of polyculture of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) and brown trout (Salmo trutta Ssp) performed with different rates on growth performance, feed efficieny and behaviour

    BORAN KARATAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Su ÜrünleriYüzüncü Yıl Üniversitesi

    Su Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMED ARABACI

  2. Tez No

    714780

    Prebiyotik katkılı yemlerin kırmızı benekli alabalıklarda (Salmo trutta macrostigma Dumeril, 1858) büyüme performansı ve bağırsak histolojisi üzerine etkisi

    The effect of prebiotic additive feeds on growth performance andgut histology in brown trouts (Salmo trutta macrostigma Dumeril, 1858)

    HATİCE SÖNMEZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Su Ürünleriİskenderun Teknik Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ METİN YAZICI

    DOÇ. DR. SELMİN ÖZER

  3. Tez No

    482563

    Bakteriyel enfeksiyonlara karşı kahverengi alabalıklarda gen ekspresyonunun belirlenmesi

    Determination of brown trout gene expression after bacterial infection

    SEÇİL TURGUT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Balıkçılık TeknolojisiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLHAN ALTINOK

  4. Tez No

    663775

    Kültür ortamında yetiştirilerek Doğu Karadeniz derelerine bırakılan kahverengi alabalık (Salmo trutta Linnaeus, 1758)'ın büyüme ve beslenmesinin ve belirlenmesi

    Determination of Feeding and Growth of Hatchery-reared Brown Trout (Salmo Trutta Linnaeus, 1758) on the Eastern Black Sea Region of Turkey

    YAHYA TERZİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Su ÜrünleriKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KADİR SEYHAN

  5. Tez No

    121157

    Kahverengi alabalıkların (Salmo trutta labrax, L.) doğal stokları zenginleştirmek ve kültür potansiyellerini belirlemek amacıyla yoğun şartlarda üretim imkanlarının araştırılması

    Evaluation of brown trout (Salmo trutta labrax, L.) production under intensive culture condition and determination of its ranching potentials

    İLKER ZEKİ KURTOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    Su Ürünleriİstanbul Üniversitesi

    Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET SALİH ÇELİKKALE

Geri Dön