Laboratuvarımıza başvuran ve real tıme pcr yöntemi ile influenza pozitif bulunan örneklere yeni nesil dizileme tayini yapılması ve filogenetik ağacın oluşturulması
New generation sequence and phylogenetic analysis in samples submitted to our laboratory and found influenza positive by real time pcr method
- Tez No: 994064
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLENDAM BOZDAYI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Dizi analizi, İnfluenza virüs, Sequence analysis, Influenza virus
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gazi Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Viroloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İnfluenza virüsleri dünyada her yıl önemli ölçüde morbidite ve mortaliteden sorumlu olan virüslerdir. Özellikle yaşlı ve risk altında olan bireylerde, ciddi hastalık ve komplikasyonlar geliştirme riski yüksektir. Erken tanı hastalığın önlenmesi, kontrol altına alınması, izlenmesi ve tedavisi için oldukça önem taşımaktadır. Çalışmamızda, influenza bulguları taşıyan hasta örneklerinden influenza suşlarının genotip tayini yapılmıştır. Ardından yeni dizileme yöntemiyle virüsün HA ve NA gen bölgelerinin sekanslaması yapılmıştır. 2017-2022 yılları arasında laboratuvarımıza gönderilen 54 hastaya ait nazofaringeal sürüntü örnekleri dahil edilmiştir. Çalışmamızda, 31 (%54,7) H1N1, 17 (%31,4) H3N2 ve 6 (%11,1) adet influenza B virüsleri saptanmıştır. Yeni dizileme çalışmasına, 31 A(H1N1), 10 A(H3N2), 6 adet A (H3N2, H3 bölgesi), 1 adet A (H3N2, N2 bölgesi) dahil edilmiştir. Çalışmamızda A (H1N1) HA gen bölgesinde 50, NA gen bölgesinde 45 mutasyon saptanmıştır. HA geninde saptanan mutasyonların 25'i (%50), NA geninde saptanan mutasyonların 12'si (%26,6) Türkiye'de daha önce bildirilmemiştir. İnfluenza A(H3N2) HA gen bölgesinde 42, NA bölgesinde 23 mutasyon tespit edilmiştir. HA geninde tespit edilen mutasyonların 4'ü (%9,5) Türkiye'de daha önce bildirilmemiştir. Çalışmamızda antiviral direnç mutasyonları tespit edilmemiştir. Çalışmamızda uyguladığımız filogenetik analizi, HA ve NA dizilerinin dünyada dolaşan suşlarla benzerlıik gösterdiği ortaya çıkarmıştır
Özet (Çeviri)
Influenza are responsible for significant morbidity and mortality every year in the world. Particularly vulnerable populations such as the elderly and those with underlying medical conditions are susceptible to severe illness and associated complications. Early diagnosis is important in stemming the spread of the disease, as well as in facilitating effective therapeutic interventions and monitoring approaches. In our study, we conducted the determination of influenza strain genotypes by analyzing patient samples with influenza symptoms. Subsequently, the sequencing of HA and NA gene regions of the virus was carried out utilizing New generation sequence method. The nasopharyngeal swab samples obtined from 54 patients, which were submitted to our lab during the period between 2017 and 2022, were incorporated into the study. In our study, 31 (54,7%) H1N1, 17 (31,4%) H3N2 and 6 (11,1%) influenza B viruses were detected. 31 A(H1N1), 10 A(H3N2), 6 A (H3N2, H3 region), 1 A (H3N2, N2 region) were included to our NGS research. In our study, 50 mutations were detected in the A (H1N1) HA gene region and 45 mutations in the NA gene region. 25 (50%) of the mutations detected in the HA gene and 12 (26,6%) of the mutations detected in the NA gene have not been previously reported in Turkey. In the HA gene region of influenza A (H3N2), we were able to identify 42 mutations, while the NA region exhibited 23 mutations. In HA gene 4 mutation (9,5%) had not been previously reported in Turkey were detected by our study. Our study did not detect any cases of antiviral resistance mutations. Through the use of phylogenetic analysis, our study demonstrated that the HA and NA sequences exhibited resemblance to strains that were circulating globally.
Benzer Tezler
- İshalli hastalarda Entamoeba histolytica sıklığının mikroskobik bakı, ELISA ve PCR yöntemleri ile araştırılması
Investigation of Entamoeba histolytica frequency in patients with diarrhea using microscopy, ELISA and PCR methods
ALPEREN CEYLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
MikrobiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA ESENKAYA TAŞBENT
- Nonobstruktif azospermili infertil erkeklerde AZFC ve TTY2 gen ailelerinin mikrodelesyonu
The microdeletions of AZFC and TTY2 gene families in i̇nfertile men with non-obstructive azoospermia
MUSTAFA EKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiDicle ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MAHMUT BALKAN
- Laboratuvarımıza başvuran immünsüprese ve bazı kronik hastalığı olan kişilerde bağırsak parazitlerinin dağılımı
Distribution of intestinal parasites in immunosuppressed and some chronic diseases admitted to our laboratory
NURHAN KARAKUŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ParazitolojiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiTıbbi Parazitoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ABDURRAHMAN EKİCİ
- 2007-2019 yılları arasında büyüme ve gelişme geriliği ön tanısıyla başvuran hastaların genetik analiz sonuçlarının değerlendirilmesi
Evaluation of genetic analysis results of patients who applied with the pre-diagnosis of growth and developmental delay between 2007-2019
ZEYNEP KOCA
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiDicle ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT BALKAN
- Brusellozluların rivanol ve 2-mercaptoethanol deneyleri yapılan serumlarında ELISA (Enzyme-Linked immunosorbent Assay) ile IgM aranması
Başlık çevirisi yok
MUSTAFA AK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1990
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EKREM KADRİ UNAT