Geri Dön

LACTOCOCCUS PETAURI İZOLATLARINDA GAPDH GENİNİN MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU VE REKOMBİNANT GAPDH PROTEİNİNE KARŞI GÖKKUŞAĞI ALABALIĞINDA (ONCORHYNCHUS MYKISS) OLUŞAN ANTİKOR YANITININ DEĞERLENDİRİLMESİ

MOLECULAR CHARACTERIZATION OF THE GAPDH GENE IN LACTOCOCCUS PETAURI ISOLATES AND EVALUATION OF ANTIBODY RESPONSE TO RECOMBINANT GAPDH PROTEIN IN RAINBOW TROUT (ONCORHYNCHUS MYKISS)

  1. Tez No: 1006559
  2. Yazar: ESRA DEMİRBAŞ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ERTAN EMEK ONUK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Su Ürünleri, Veteriner Hekimliği, Microbiology, Aquatic Products, Veterinary Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Hastalıkları Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Su Ürünleri Hastalıkları Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Lactococcus petauri, akuakültürde ciddi enfeksiyonlara neden olan önemli bir bakteriyel patojendir. Bu tez çalışmasında, etkenin GAPDH geni temelinde moleküler karakterizasyonu ile filogenetik analizi gerçekleştirilmiş ve üretilen rekombinant proteinin immünoreaktivitesi ile alabalıklar üzerindeki antikor yanıtı değerlendirilmiştir. Çalışmada öncelikle 43 izolatın tür düzeyinde moleküler doğrulaması Multiplex PCR ile gerçekleştirilmiş ve tamamının L. petauri olduğu teyit edilmiştir. Ardından bu izolatların GAPDH açık okuma çerçevesi (ORF) çoğaltılarak sekanslanmış; nükleotid/amino asit karşılaştırmaları, Maksimum olabilirlik (Maximum Likelihood, ML) yöntemiyle filogenetik analizleri ve in silico protein modellemeleri yapılmıştır. Analizler sonucunda 1011 bp uzunluğundaki GAPDH gen bölgesine göre izolatlar; sırasıyla 12, 20, 9 ve 2 izolat içeren Tr_Lpet_OMU1, Tr_Lpet_OMU2, Tr_Lpet_OMU3 ve Tr_Lpet_OMU4 olmak üzere dört genotipte toplanmıştır. Filogenetik olarak Tr_Lpet_OMU1 referans suşlarla kümelenirken, diğerleri yüksek destek değerleriyle ayrı bir monofiletik alt klad oluşturmuştur. In silico analizlerde, 336 amino asitlik proteinin ~35,9 kDa ağırlığında, sitoplazmik yerleşimli ve 16 antijenik bölgeye sahip olduğu tespit edilmiştir. En yaygın genotip olan Tr_Lpet_OMU2'ye ait sekansın kodon optimizasyonu sonucunda, nükleotid dizisinde yaklaşık %23 değişiklik sağlanırken amino asit dizisinin korunduğu teyit edilmiştir. Optimize edilen dizi pET28a(+) vektörüne klonlanarak E. coli BL21(DE3) sisteminde yaklaşık 36 kDa büyüklüğünde rekombinant GAPDH proteini eksprese edilmiştir. Saflaştırılan proteinin, Western blot analizlerinde anti-6xHis antikoru ve enfekte balık serumlarıyla immünoreaktif olduğu doğrulanmıştır. İmmünizasyon denemesinde (GAPDH+adjuvan, adjuvan, kontrol) 2. ve 4. haftalarda ELISA ile IgM düzeyleri ölçülmüştür. İkinci haftada ortalama tank IgM seviyesi GAPDH grubunda (0,7927), adjuvan (0,6377) ve kontrol (0,4899) gruplarından yüksek bulunmuştur. Dördüncü haftada GAPDH grubunda bu değer 0,7049'a gerilemiş ve adjuvan grubuyla fark azalmıştır. Sonuç olarak, Türkiye L. petauri izolatlarında GAPDH geni bakımından sınırlı fakat ayırt edici genetik çeşitlilik bulunduğu; rekombinant GAPDH'nin immünoreaktif olduğu ve erken dönem antikor yanıtını uyardığı belirlenmiştir. Bu bulgular, patojenin moleküler epidemiyolojisinin anlaşılmasına ve GAPDH'nin aşı adayı antijen olarak değerlendirilmesine katkı sağlamaktadır

Özet (Çeviri)

Lactococcus petauri is an important bacterial pathogen causing severe infections in aquaculture. In this thesis, GAPDH gene-based molecular characterization and phylogenetic analysis of the agent, evaluating the produced recombinant protein's immünoreactivity and trout antibody response. Firstly, species-level molecular confirmation of 43 isolates was performed by multiplex PCR, confirming all as L. petauri. Then, their GAPDH open reading frames (ORF) were amplified and sequenced; nucleotide/amino acid comparisons, Maximum Likelihood phylogenetic analyses, and in silico modeling analyses were conducted. Based on the 1011 bp GAPDH region, isolates were grouped into four genotypes: Tr_Lpet_OMU1, Tr_Lpet_OMU2, Tr_Lpet_OMU3, and Tr_Lpet_OMU4, containing 12, 20, 9, and 2 isolates, respectively. Phylogenetically, Tr_Lpet_OMU1 clustered with reference strains, while others formed a separate well- supported monophyletic subclade. In silico analyses determined the 336-amino acid protein has ~35.9 kDa weight, cytoplasmic localization, and 16 antigenic regions. Codon optimization of the most common genotype, Tr_Lpet_OMU2, conserved the amino acid sequence despite an ~23% nucleotide change. The optimized sequence was cloned into pET28a(+) vector, expressing ~36 kDa recombinant GAPDH in E. coli BL21(DE3). Purified protein immünoreactivity with anti-6xHis antibody and infected fish sera was confirmed by Western blot. In immünization trials (GAPDH+adjuvant, adjuvant, control), IgM levels were measured via ELISA at weeks 2 and 4. At week 2, mean tank IgM level was higher in GAPDH group (0.7927) than adjuvant (0.6377) and control (0.4899) groups. At week 4, this value decreased to 0.7049 in the GAPDH group, reducing the difference with the adjuvant group. In conclusion, Turkish L. petauri isolates have limited but distinct GAPDH genetic diversity; recombinant GAPDH is immünoreactive and stimulates early-stage antibody response. These findings contribute to understanding the pathogen's molecular epidemiology and evaluating GAPDH as a candidate vaccine antigen.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    920445

    Borçka Baraj gölünde kültürü yapılan Gökkuşağı alabalıklarında (Oncorhynchus mykiss) bakteriyel hastalıkların mevsimsel dağılımı

    Seasonal distribution of (Oncorhynchus mykiss) bacterial diseases in Rainbow Trout cultured in Borçka Dam Lake

    FATMA AYDIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Su ÜrünleriRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİKRİ BALTA

  2. Tez No

    838377

    Hermetia illucens (Diptera: Stratiomyidae) larvalarının gökkuşağı alabalığının sindirim sistemindeki bakteri kompozisyonu ve bağışıklık sistemi üzerine etkisi

    Effect of larvas of hermetia illucens (Diptera: Stratiomyidae) on rainbow trout's bacteria composition in the digestive system and immune system

    HİDAYET SAYRAMOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Balıkçılık TeknolojisiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLHAN ALTINOK

  3. Tez No

    35535

    Isolation identification and characterization of three nisin producing strains of lactococcus lactis subsp. lactic from raw milk

    Nısın üreten üç lactotoccus lactis subsp. Lactis'in ham sütten izalosyonu tanımlanması ve karakterize edilmesi

    BASHAR SAMARA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1994

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ

  4. Tez No

    83558

    Lactococcus cinsine ait suşlarda faj dirençlilik sistemlerinin tanımlanması

    Identification of phage resistance in genus: Lactococcus

    PINAR ŞANLIBABA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Gıda MühendisliğiAnkara Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK

  5. Tez No

    83565

    Türkiye'de izole edilen lactococcus lactis subsp. lactis suşlarında laktoz fermentasyon yeteneğinin genetik determinantlarının, konjugal aktarımının ve stabilitesinin tanımlanması

    Identification of genetic determinants, conjugal transfer and stability of lactose fermentation ability in lactococcus lactis subsp. lactis strains isolated from Turkey

    ÇAĞLA TÜKEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Gıda MühendisliğiAnkara Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK

Geri Dön