Identification of serotype specific DNA marker for Salmonella Typhimurium by RAPD-PCR method
Salmonella Typhimurium için serotip spesifik DNA işaretleyicisinin RAPD-PCR metodu ile tanısı
- Tez No: 153435
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CANDAN GÜRAKAN, PROF. DR. UFUK BAKIR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Salmonella Typhimurium, RAPD-PCR, DNA işaretleyicisi, tanı. vıı, Salmonella Typhimurium, RAPD-PCR, DNA marker, identification
- Yıl: 2004
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
ÖZ SALMONELLA TYPHIMURIUM İÇİN SEROTIP SPESİFİK DNA İŞARETLEYİCİSİNİN RAPD-PCR METODU İLE TANISI Aksoy, Ceren Yüksek Lisans, Biyoteknoloji Bölümü Tez Danışmanı: Doç. Dr. G. Candan Gürakan Yardımcı Tez Danışmanı: Prof. Dr. Ufuk Bakır Eylül 2004, 80 sayfa Bu çalışmada tüm dünyada yaygın olarak gıda zehirlenmelerine neden olan Salmonella Typhimurium serotipi için spesifik bir DNA işaretleyicisinin RAPD-PCR tekniği ile tespit edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada Primer 3 (RAPD 9.1), 5'-CGT GCA CGC-3', kullanılarak 12 tanesi serotip Salmonella Typhimurium, 23 tanesi de farklı altı Salmonella serotipine ait olmak üzere, 35 farklı Salmonella isolatı için RAPD-PCR yapılmışır. Buna göre serotip Salmonella Typhimurium için Primer 3 (RAPD 9.1) ile 300 bp ve 700 bp olmak üzere iki farklı amplifikasyon ürünü elde vıedilmiştir. Diğer yandan altı faklı Salmonella serotipine ait 23 isolat aynı primer ile sadece 300 bp'lik bant verirken, 700 bp'lik amplifikasyon bandı hiçbir isolat ile elde edilememiştir. 700 bp'lik fragmantın Salmonella Typhimurium için spesifik olduğu bulunduktan sonra sekanslanmasma karar verilmiştir. Sekanslamak amacıyla 700 bp'lik bant vektör pUC 19 üzerine takılmıştır. Klonlama işlemi mavi ve beyaz koloniler oluşumu şeklinde pozitif sonuçlar verirken, klonlanmış vektörü taşıdığı düşünülen beyaz kolonilerden plasmid isolasyonu başarılamamıştır. Bu nedenle, 700 bp'lik bandın plasmid DNA'sı ile birlikte sekanslanması işlemi gerçekleştirilememiştir. Bu sonuçlara dayanarak 700 bp'lik amplifikasyon ürünü Salmonella Typhimurium serotipi için spesifik, polymorfik bir bölge olarak bulunmuş ve bu bandın Salmonella Typhimurium serotipinin teşhis ve tanımlanmasında spesifik bir marker olarak kullanılabileceği kanısına varılmıştır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT IDENTIFICATION OF SEROTYPE SPECIFIC DNA MARKER FOR SALMONELLA TYPHIMURIUM BY RAPD-PCR METHOD Aksoy, Ceren M. Sc, Department of Biotechnology Supervisor: Assoc. Prof. Dr. G. Candan Gürakan Co-Supervisor: Prof. Dr. Ufuk Bakır September 2004, 80 Pages This study was performed for the identification of specific DNA marker using RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphic DNA) method for serotype Salmonella Typhimurium which is one of the most prevalent serotype causing food poisining all over the world. The Primer 3 (RAPD 9.1), 5'-CGT GCA CGC-3', was used in RAPD- PCR with 35 different Salmonella isolates. 12 of them were serotype Salmonella Typhimurium and 23 of them were belonging to other six different serotypes. Accordingly, two different 300 bp and 700 bp sized amplification products were obtained from the 12 different Salmonella Typhimurium isolates. On the other hand, other 23 Salmonella isolates of six different IVserotypes gave only 300 bp amplification band while 700 bp amplification band was not observed with Primer 3 (RAPD 9.1). After the discovery of 700 bp fragmentwhich was specific for S. Typhimurium, it was decided to sequence. The 700 bp band was ligated onto the vector pUC 19 to sequence. The cloninig operation gave positive results by the formation of blue and white colonies, but plasmid isolation process from white colonies containing the ligated vector was not achieved. Therefore, sequencing of the 700 bp fragment together with plasmid DNA could not be completed. However it wil be sent to USA for sequencing. According to these results, it was discovered that 700 bp amplification product was found as a specific polymorphic region for Salmonella Typhimurium after RAPD application on genomic DNA and this band can be used as a specific marker for detection and identification of Salmonella Typhimurium.
Benzer Tezler
- Development of a polymerase chain reaction based technique for the detection of salmonella
Salmonalla'nu teşhis edilmesinde PCR temelli bir tekniğin geliştirilmesi
NEZAHAT GÜLCE ÖREN
Yüksek Lisans
İngilizce
1997
Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ZÜMRÜT B. ÖGEL
- Yerel Mavidil virusu izolatlarının Plak Redüksiyon Nötralizasyon (PRN) ve Reverz Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PZR) teknikleri ile serotipik identifikasyonu
Serotypic identification of local Bluetongue virus isolates using Plaque Reduction Neutralization (PRN) and Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Techniques
VOLKAN YILMAZ
- Klinik örneklerden epstein-barr virüsünün moleküler çalışması
Molecular study of epstein-barr virus from clinical specimens
HUSSEIN JBARAH KADHIM KADHIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Moleküler TıpÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN
PROF. DR. MAJİD NOORİ HUMOUD
- Transplantasyon hasta ve vericilerinde polimeraz zincir reaksiyon (PCR) teknolojisi ile viral etiyolojisinin tanımlanması
Başlık çevirisi yok
EBRU KARBUZOĞLU
- Pasteurella multocida ve Mannhemia haemolytica suşlarının virulens özelliklerinin moleküler olarak incelenmesi
Molecular investigation of virulence characteristics of Pasteurella multocida and Mannhemia haemolytica strains
ERSAN PÜTÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Veteriner HekimliğiAtatürk ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEYDA CENGİZ