Geri Dön

Biochemical characterization of R.Oryzae xylanase and heterologous probe preparation from T.reesei

R.Oryzae küpünden ksilanaz enziminin biyokimyasal karakterizasyonu ve T.reesei küpünden heterologus sonda hazırlanması

  1. Tez No: 93361
  2. Yazar: AYŞEGÜL ERSAYIN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. UFUK BAKIR, DOÇ. DR. SEZAİ TÜRKEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Ksilan, Ksilanaz, Ksilanaz geni, Rhizopus oryzae, Trichoderme reesi, PCR, RT-PCR. VI, Xylan, Xylanase, Xylanase gene, Rhizopus oryzae, Trichoderma reesei, PCR, RT-PCR IV
  7. Yıl: 2000
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 148

Özet

öz R ORYZAE KÜFÜNDEN KSILANAZ ENZİMİNİN BİYOKİMYASAL KARAKTERİZASYONU ve T. REESEİ KÜFÜNDEN HETEROLOGUS SONDA HAZIRLANMASI Ersayın, Ayşegül Yüksek Lisans, Biyoteknoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Doç.Dr. Uftık Bakır Yardımcı Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Sezai Türkel Eylül 2000, 130 sayfa Bu çalışmada, R oryzae ATCC 9363 susunun ksilanaz genini nükleik asit hibridizasyonu ile izole etmek için, hibridizasyon probu olarak kullanılmak üzere T. reesei QM9414 susunun iki ksilanaz geni izole edildi. T. reesei QM9414 susunun bütün ksilanaz genleri tek primer seti, PCR ile izole edildi. 900 ve 800 bp olan iki PCR ürünü elde edildi ve nested PCR'a tabi tutuldu. Nested PCR, çeşitli ksilanazların korunmuş amino asitdizilimine bağlı olarak düzenlenmiş primer seti ile yapıldı. Sadece 800 bp DNA templet olarak kullanıldığında, T. reesei C 30 xynll geninin iç kısmıyla tamamen aynı dizilime sahip 350 bp nested PCR ürünü elde edildi. 900 bp olan DNA kolayca yemden çoğaltılırken 800 bp çoğaltılamadı. Nükleik asit hibridizasyonuna ek olarak, R. oryzae ksilanaz geni izolasyonu için RT-PCR diğer bir strateji olarak düşünüldü. Etkili primer seti düzenlemek için N-terminal amino asit dizilimi planlandı. Bu amaçla, R oryzae ' dan ksilanazı üretimi, saflaştırılması, kısmi tanımlanması bu tezde yapıldı. Mw ve pl değerleri SDS-PAGE ile 22 kDa, DBF ile yaklaşık olarak 6-6.5 hesaplandı.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT BIOCHEMICAL CHARACTERIZATION OF R ORYZAE XYLANASE and HETEROLOGOUS PROBE PREPARATION from T. REESEI Ersayın, Ayşegül M. S., Department of Biotechnology Supervisor Assoc. Prof. Dr. Ufuk Bakır Co-supervisor. Assoc.Prof. Dr. Sezai Türkel September 2000, 130 pages In this study, two xylanase genes of T. reesei QM9414 were isolated which will be used as hybridization probes for the isolation of xylanase gene from/?, oryzae ATCC 9363 by nucleic acid hybridization. Both of the xylanase genes of T. reesei QM9414 were isolated by PCR with one primer set. Two PCR products, 900 and 800 bp, were obtained and subjected to nested PCR. Nested PCR was performed by using a set of primers designed depending on conserved amino acid sequences of various xylanases. A 350 111bp nested PCR product was obtained only when 800 bp DNA was used as template, which's sequence was exactly the same with the inner part of T. reesei C 30 xynll gene. The 900 bp DNA was easily reamplified but 800 bp DNA could not be reamplified. In addition to nucleic acid hybridization, RT-PCR was determined as another strategy to isolate R. oryzae xylanase gene. In order to design an efficient primer set, N-terminal amino acid sequencing was planned. Therefore, xylanase production from R. oryzae, purification and partial characterization were performed within this thesis. Mw and pi values of the xylanase were determined as 22 kDa by SDS-PAGE and around 6-6.5 by IEF, respectively.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    119112

    Purification and biochemical characterization of beta-1,4-endoxylanases from Rhizopus oryzae

    Rhizopus oryzae küfünden beta-1,4-endoksilanaz enzimlerinin saflaştırılması ve biyokimyasal karakterizasyonu

    UMUT AKINCI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    KimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. UFUK BAKIR

  2. Tez No

    93398

    Partial purification and characterization of B-1,4-endoxylanase from rhizopus oryzae

    Rhizopus oryzae küfünden ksilanaz enziminin kısmen saflaştırılması ve biyokimyasal karakterizasyonu

    FERDA GÜVENÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2000

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜLİN GÜRAY

    DOÇ. DR. UFUK BAKIR

  3. Tez No

    153514

    Biochemical and genetic studies on the pyruvate branch point enzymes of Rhizopus oryzae

    Rhizopus oryzae' nın piruvat ayrım noktası enzimleri üzerinde biyokimyasal ve genetik çalışmalar

    ŞEYDA AÇAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALUK HAMAMCI

    PROF. DR. MERAL YÜCEL

  4. Tez No

    199232

    Purification and characterization of hexokinase isoenzymes from Rhizopus oryzae

    Rhizopus oryzae'den heksokinaz izoenzimlerinin saflaştırılması ve karakterizasyonu

    DİDEM DEDEOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    BiyokimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. HALUK HAMAMCI

    DR. ŞEYDA AÇAR

  5. Tez No

    315382

    Cloning of The Laccase cDNAs from Pycnoporus sanguineus MUCL 38531, Expression in Pichia pastoris and Characterization of Recombinant Laccases

    Pycnoporus sanguineus?tan Lakkaz cDNA?larının Klonlanması, Pichia pastoris?te Ekspresyonu ve Rekombinant Lakkazların Karakterizasyonu

    GÜNSELİ KURT GÜR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ

Geri Dön